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人类基因组大小在3G左右，这么多的DNA线性排列，完全展开其长度可以达到2米，而细胞直径是微米级别的，这意味着DNA在细胞核内肯定是高度折叠的。众所周知，结构决定功能，这样的空间结构势必对于生命体复杂的功能造成了影响。
随着基因组学研究的发展，由结构基因组学过渡到功能基因组学，科学家对于基因组各种元件的功能及其调控关系有了进一步的了解，为研究基因组三维结构和基因功能之间的关系提供了坚实的基础，进而诞生了一种新的研究领域，称之为三维基因组学，专注于研究基因组的空间结构和基因表达，调控功能的关系和影响。
随着更高分辨率的显微镜的发明，科学家对于细胞组成的不断深入，于此类似，对于染色质空间结构的认知也是一个分辨率不断提高的过程。对于染色质在细胞核内的分布，最早提出的概念为chromosome territories，翻译成染色质疆域，简写为CT,也有叫做染色质边界的。
这个概念指的是染色质在细胞核内分布的并不是随机分布的，而是不同染色体占据不同的空间。科学家通过染色体损伤实验证明了这一现象，如下图所示
左侧的图代表染色质疆域分布模型，右侧图代表染色质随机分布模型。通过激光造成基因组的局部损伤，如果随机分布，则受损区域会分布在多个染色体上，如果是疆域模型的话，则只会集中在部分染色体。显微观察的结果如下
每行代表一个样本，黑色区域为损伤区域，可以看到损伤区域只集中在部分染色体上。
染色质疆域是科学家对染色质空间结构认知的第一步，在此基础上，随着染色质构建捕获技术的发明和发展，人们对染色质空间结构的认知不断加深，相继提出了拓扑结构域TAD,染色质环等更高分辨率的构成单元，示意如下
在后面文章中在进行详细介绍。
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