R语言实现多序列比对（MSA）可视化

2020-02-25 13:26:58 浏览数 (1)
大家应该很熟悉多序列比对的工具，比如Clustal X系列，MEGA等。今天给大家介绍一个在R语言实现多序列比对可视化的R包ggmsa。首先我们看下所需要的包：
代码语言：javascript复制
BiocManager::install("treeio")
BiocManager::install("Biostrings")
BiocManager::install("ggtree")
install.packages("ggmsa")
install.packages("seqmagick")
install.packages("cowplot")

接下来我们看下其核心函数ggmsa：

其中的参数，我们不做赘述，其实都很明显了我们直接进入实战：

代码语言：javascript复制
sequences <-system.file("extdata", "sample.fasta", package ="ggmsa")
ggmsa(sequences, 320, 360, color ="Clustal")

其它的颜色我们就不一一试了。接下来我们看下，font=NULL,去掉背景之后的样子：

代码语言：javascript复制
ggmsa(sequences, 320, 360, font = NULL,color = "Chemistry_AA")

然后，我们看下增加了进化树的综合绘图：

代码语言：javascript复制
library(Biostrings)
x <- readAAStringSet(sequences)
d <- as.dist(stringDist(x, method ="hamming")/width(x)[1])
library(ape)
tree <- bionj(d)
library(ggtree)
p <- ggtree(tree )   geom_tiplab()
 
data = tidy_msa(x, 164, 213)
p   geom_facet(geom = geom_msa, data =data,  panel = 'msa', font = NULL, color= "Chemistry_AA")  xlim_tree(1)

最后我们看下和基因logo结合的MSA绘图：

代码语言：javascript复制
f <- system.file("extdata","LeaderRepeat_All.fa", package = "ggmsa")
s <- readDNAStringSet(f)
strings <- as.character(s)
p1 <- ggmsa(s, font = NULL, color ='Chemistry_NT')
 
library(ggseqlogo)
library(cowplot)
 
p2 <- axis_canvas(p1, axis='x') geom_logo(strings, 'probability')
pp <- insert_xaxis_grob(p1, p2,position="top", grid::unit(.05, "null"))
ggdraw(pp)

欢迎大家学习交流！

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