课前准备,R语言的安装和配置都OK了吗?生物信息系列课程-R语言入门;挖掘GEO速成SCI文章系列教程(3)-R语言基础。小板凳排排坐,飞飞老师要开课~
上次教程中,我们从最常用的一个图形入手:箱线图。给大家讲解并绘制了箱线图,画出来的图是这样子的。
昨天的箱线图出来后,很多同学觉得还不够过瘾,想知道有没有更炫酷的画法来表征不同组别间的统计数据呢,当然有!
小·提·琴·图
定义:Violin plot,和Boxplot一样,也是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图,其形状类似小提琴。它主要用于反映原始数据分布的特征,还可以进行多组数据分布特征的比较。
解读:小提琴图是【箱线图】与【核密度图】的结合,箱线图展示了分位数的位置,核密度图则展示了任意位置的密度,通过小提琴图可以知道哪些位置的数据点聚集的较多,因其形似小提琴而得名。如下图所示,其外围的曲线宽度代表数据点分布的密度,中间的箱线图则和普通箱线图表征的意义是一样的,代表着中位数、上下分位数、极差等。
绘制方法:使用ggplot2包的geom_violin()函数绘制小提琴图,为了更好地表征数据分布,再用geom_boxplot()函数叠加一个箱线图。
绘图操作:使用科研猫提供的提琴图·R代码,只要提供几个参数即可:
(1)设置用来绘图的数据文件;
(2)设置小提琴的颜色,可以是red、blue、green等各种颜色,当你想绘制多种颜色时,使用“random”;
(3)设置x轴的标签;
(4)设置y轴的标签
然后直接运行代码即可。
只需短短几秒,你就会彻底爱上我们的代码,我们的小提琴图。超高颜值、时尚穿搭,editor都说爱了呢。
讲师简介:
飞飞老师,绰号“小飞鼠”,国家重点实验室生物信息学博士,生物信息及动画专业双985学士,有近十年科研绘图经验,精通R、Python、Perl等多门编程语言及Photoshop、Illustrator、InDesign、After Effects、Cinema 4D、Maya等制图软件,已发表多篇高质量SCI论文(包括10分以上两篇),并多次操刀设计Journal封面绘图。授课经验丰富,已辅导学员完成论文绘图近千张,辅导发表SCI论文80余篇。下面我们一起按照由易到难的顺序,一起来欣赏一下飞飞老师的大作吧:
1. 初级统计绘图
2.复杂统计绘图
3.流程图、机器学习、三维制图
4.复杂三维绘图、杂志封面
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