【科研猫·绘图】团团“圆圆”，来个不一样的月饼

月圆圆月团圆夜，团圆夜里望月圆，

月圆夜圆月圆圆，夜圆月圆夜团圆～

值此中秋佳节到来之际，“科研猫”祝大家节日快乐，还精心给大家备了一份送来圆圆的月饼。

前面三个相信都是大家想要的，最后一个是什么鬼？明显不是月饼啊喂。虽然表示不懂是个啥，但是看上去有点妖娆到摄人心魄啊。

今天，在吃月饼的同时，我们就来聊聊这个圆圆的图。这个图，有人叫它“圈图”（果然很直白），其实它有个很高级的名字，叫做（记好了）-“Circos图”。相信大家之前也在很多高级杂志中看到过这样的图片，但是会画的人并不多。下面，我们就来讲讲Circos图的前生今世，教大家如何画一个简单的Circos图。

Circos-诞生

Circos图诞生于2009年，当时是作为一个绘图工具类的文章发表在Genome Research（最新IF：9.944）上，其作者是Martin Krzywinski，可为“Circos之父”，我们姑且尊称他为“马老师”。从那时出现开始便多次出现在国际知名杂志，比如Nature、Science、Cell上。截止到2019年9月该文章已被引用将近3,500次。

马老师是涉足生物信息学、数学、物理学，虽然是个不折不扣的工科男，但是他在日常生活中是一个很有艺术细胞的人，他还是一名专业的摄影师，这也就决定了我们的马老师对于“图”这个东西是有自己非常独到的看法的。自他手中创造出来的Circos图也是一样绚丽多姿。可以看一下诸多杂志社的封面文章，很多Circos图的身影。

Circos-用途

CIrcos图其实是一个用途非常广泛的图形，可以用于表征基本上任何类型的数据，包括把我们常见的散点图、折线图等都可以整合到Circos当中。特别是，CIrcos尤其适合用来描述生物信息学和基因组学的数据（别忘了马老师本来就是做生物信息的），我们可以看一下Circos官网（http://circos.ca/）对于Circos用途的描述词频汇总：

既然，Circos图这么好用，那么我们该使用什么方法来做图呢？

Circos-做法

Circos图的绘图软件就叫Circos，直奔主题，它的做法有几种，我们从难到易给大家逐一介绍：

方法一：Perl语言

Circos是由Perl语言编写的一个非常庞大的软件，安装起来可以说相当麻烦，首先我们需要安装Perl语言，其次需要下载Circos（如需获取，也可直接联系文末客服），网址如下：

http://circos.ca/software/download/

下载好之后就是安装Circos需要的Perl模块，粗粗统计一下，Windows中的Active Perl如果要运行Circos，需要安装十几个模块。我写过大量的Perl代码，所以对Perl是及其熟悉的，但是就我这样，去安装Circos也要花费一两个小时的时间才能完全调试好。当你装好了以后要运行的话，你会发现，不好意思，没有图形界面，我们需要自己到命令行运行，而且手动修改配置文件。