作者：严涛 浙江大学作物遗传育种在读研究生（生物信息学方向）伪码农，R语言爱好者，爱开源。生信宝典对代码进行了系统测试和解释。
简介
R-Ladies是一个世界性的促进R语言社区性别多样性的组织，本文分析了这个组织的粉丝成员分布信息。
这篇文章主要基于d4tagirl,稍微有所修改。原文链接：https://d4tagirl.com/2017/05/how-to-plot-animated-maps-with-gganimate
小编是用3.5.1版本的R重现以下过程的，gganimate包不能通过Tools——Install Pakages来安装，而需要从github直接安装，下面的命令适用于我所遇到的问题。（gganimate有两个包，本文用到的是老的版本。2018美日科学家因免疫治疗得诺贝尔生理医学奖|动图展示历年生理学奖中用到的是新版本，用法不太一致，还请注意。）
devtools::install_github("dgrtwo/gganimate", ref = "v0.1.1”)另外一个依赖的软件是imageMagick软件，这是一个需要单独下载并安装在PC或服务器端的图形编辑软件，下载地址：https://imagemagick.org/script/index.php，选择适合自己电脑系统的一个版本进行安装。推荐ImageMagick-6.9.10版本，最新版存在与此R包的兼容性问题。gganimate的新版本不依赖于该软件。
注意：安装路径不要有中文和空格。
数据加载
代码语言：javascript复制# 加载包，若缺失则安装。
library(pacman)
p_load(tidyverse, gganimate, maps, ggthemes)
rladies <- read_csv(url("https://raw.githubusercontent.com/d4tagirl/R-Ladies-growth-maps/master/rladies.csv"))%>%
select(-1)
head(rladies)## # A tibble: 6 x 7
## screen_name location created_at followers age_days lon lat
## <chr> <chr> <date> <int> <dbl> <dbl> <dbl>
## 1 RLadiesSF San Francis~ 2012-10-15 916 1673 -122 37.8
## 2 RLadiesNYC New York 2016-09-01 309 256 - 74.0 40.7
## 3 RLadiesIstanbul <U 0130>stanbul, T~ 2016-09-06 436 251 29.0 41.0
## 4 RLadiesBCN Barcelona, ~ 2016-10-11 377 216 2.17 41.4
## 5 RLadiesColumbus Columbus, OH 2016-10-04 179 223 - 83.0 40.0
## 6 RLadiesBoston Boston, MA 2016-09-06 259 251 - 71.1 42.4可视化
主要是根据地理位置信息映射到地图上
代码语言：javascript复制# borders是map包中的函数，作用是获取地图信息和绘制地图
# 其它部分都是ggplot2的操作了
ggplot()
borders("world", color="gray85", fill="grey80")
geom_point(data = rladies, aes(lon, lat, size=followers), color="purple", alpha=0.5)
scale_size_continuous(range = c(8, 24), breaks = c(250, 500, 750, 1000))
labs(size="Followers", title=" The development of R-Ladies’ Twitter accounts",x=NULL,y=NULL)
theme(text = element_text(family = "Times New Roman", color = "#EEEEEE"), #这部分主题修改，自己尝试，应该有更简单的办法
plot.title = element_text(size=40,color = "#f9ba00"),
plot.subtitle = element_text(size=14),
axis.ticks = element_blank(),
axis.text = element_blank(),
panel.grid = element_blank(),
panel.background = element_rect(fill="#333333"),
plot.background = element_rect(fill = "#333333"),
legend.position = c(0.18,0.36),
legend.background = element_blank(),
legend.key = element_blank(),
legend.text = element_text(size = 28),
legend.title = element_text(size=28, color = "#f9ba00"))
annotate(geom = "text",
label="Made by Logos ytlogos.github.ionOriginally from d4tagirl https://d4tagirl.com",
x=70, y=-55, size=10, family="Helvetica Black", color="#f9ba00", hjust="left")
动画展示
为了利用gganimate进行动态展示，需要构建一个映射变量：时间 (后面中的frame)。同时为了使得可视化开始呈现的是空白，结尾能继续保留展示一段时间，又构建了两个空白图层，就是下面2个数据表。
这里用的日期做的时间轴，其它数值变量或因子变量也都可以，注意根据需要修改。如果不是日期变量，不需要as.Date函数转换。
代码语言：javascript复制# 注意起始时间一定要早于、晚于真实数据中的时间。
# 每个时间生成一张图片，若有重名，会出现图片丢失，拼合出错。
ghost_points_ini <- tibble(created_at=as.Date("2011-09-01"), followers=0, lon=0, lat=0)
ghost_points_fin <- tibble(created_at=seq(as.Date("2017-05-16"), as.Date("2017-05-30"),by="days"), followers=0, lon=0,lat=0)添加frame映射, aes中的frame和cumulative不是ggplot2的标准美学参数，不被识别，会弹出warning，忽略就好。gganimate可以识别这两个，frame指定用哪一列做时间轴，每个时间轴会生成1张图片； cumulative表示累加，新的时间轴包含之前的数据。
注意下面3个geom_point用到的数据表不同。
代码语言：javascript复制map <- ggplot()
borders("world", color="gray85", fill="grey80")
# aes中的frame和cumulative不是ggplot2的标准美学参数，不被识别，会弹出warning，忽略就好
# gganimate可以识别这两个，frame指定用哪一列做时间轴，每个时间轴会生成1张图片；
# cumulative表示累加，新的时间轴包含之前的数据
geom_point(data = rladies, aes(lon, lat, size=followers, frame=created_at, cumulative=TRUE), color="purple", alpha=0.5)
scale_size_continuous(range = c(4, 16), breaks = c(250, 500, 750, 1000))
# aes中的frame和cumulative不是ggplot2的标准美学参数，不被识别，会弹出warning，忽略就好
# gganimate可以识别这两个，frame指定用哪一列做时间轴，每个时间轴会生成1张图片；
# cumulative表示累加，新的时间轴包含之前的数据
geom_point(data = ghost_points_ini, aes(lon, lat, size=followers, frame=created_at, cumulative=TRUE), alpha=0)
geom_point(data = ghost_points_fin, aes(lon, lat, size=followers, frame=created_at, cumulative=TRUE), alpha=0)
labs(size="Followers", title="The development of R-Ladies’ Twitter accounts",x=NULL,y=NULL)
theme(text = element_text(family = "Times New Roman", color = "#EEEEEE"),
plot.title = element_text(size=28, color = "#f9ba00"),
plot.subtitle = element_text(size=14),
axis.ticks = element_blank(),
axis.text = element_blank(),
panel.grid = element_blank(),
panel.background = element_rect(fill="#333333"),
plot.background = element_rect(fill = "#333333"),
legend.position = c(0.18,0.36),
legend.background = element_blank(),
legend.key = element_blank(),
legend.text = element_text(size = 18),
legend.title = element_text(size=24, color = "#f9ba00"))
annotate(geom = "text",
label="Made by Logos ytlogos.github.ionOriginally from d4tagirl https://d4tagirl.com",
x=70, y=-55, size=6, family="Helvetica Black", color="#f9ba00", hjust="left")
animation::ani.options(interval=0.15, ani.width=1500, ani.height=800, units="in")
gganimate::gganimate(map, filename = "d4tagirlmap.gif")
SessionInfo
代码语言：javascript复制sessionInfo()## R version 3.4.3 (2017-11-30)
## Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
## Running under: Windows 10 x64 (build 16299)
##
## Matrix products: default
##
## locale:
## [1] LC_COLLATE=Chinese (Simplified)_China.936
## [2] LC_CTYPE=Chinese (Simplified)_China.936
## [3] LC_MONETARY=Chinese (Simplified)_China.936
## [4] LC_NUMERIC=C
## [5] LC_TIME=Chinese (Simplified)_China.936
##
## attached base packages:
## [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
##
## other attached packages:
## [1] ggthemes_3.4.0 maps_3.2.0 BiocInstaller_1.28.0
## [4] forcats_0.2.0 stringr_1.2.0 dplyr_0.7.4
## [7] purrr_0.2.4 readr_1.1.1 tidyr_0.8.0
## [10] tibble_1.4.2 ggplot2_2.2.1.9000 tidyverse_1.2.1
## [13] pacman_0.4.6
##
## loaded via a namespace (and not attached):
## [1] reshape2_1.4.3 haven_1.1.1 lattice_0.20-35
## [4] colorspace_1.3-2 htmltools_0.3.6 yaml_2.1.16
## [7] utf8_1.1.3 rlang_0.1.6 pillar_1.1.0
## [10] foreign_0.8-69 glue_1.2.0 modelr_0.1.1
## [13] readxl_1.0.0 bindrcpp_0.2 bindr_0.1
## [16] plyr_1.8.4 munsell_0.4.3 gtable_0.2.0
## [19] cellranger_1.1.0 rvest_0.3.2 psych_1.7.8
## [22] evaluate_0.10.1 labeling_0.3 knitr_1.19
## [25] parallel_3.4.3 broom_0.4.3 Rcpp_0.12.15
## [28] scales_0.5.0.9000 backports_1.1.2 jsonlite_1.5
## [31] mnormt_1.5-5 hms_0.4.1 digest_0.6.15
## [34] stringi_1.1.6 grid_3.4.3 rprojroot_1.3-2
## [37] cli_1.0.0 tools_3.4.3 magrittr_1.5
## [40] lazyeval_0.2.1 crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.1
## [43] xml2_1.2.0 lubridate_1.7.1 assertthat_0.2.0
## [46] rmarkdown_1.8 httr_1.3.1 rstudioapi_0.7
## [49] R6_2.2.2 nlme_3.1-131 compiler_3.4.3
