如何简化美化LEfSe分析结果中的Cladogram图

作者：赵维中国科学院天津工业生物技术研究所

审稿：刘永鑫中国科学院遗传与发育生物学研究所

写在前面

关于LEfSe分析，相信大家早已耳熟能详。网上也有很多指导如何做LEfSe分析流程的文章。可是在实际应用中，仍然会遇到一些问题。LEfSe以出图美观的优势吸引大家用它绘图，然而为什么同样的流程，我们做出来的图总是不如别人发在文章里的漂亮？比如，别人发表的图是这样的：

图1 Least discriminant analysis (LDA) effect size taxonomic cladogram comparing all samples categorized by four bacterial provinces.引自Wang Kai, Environmental Microbiology, 2015

而我做的图是这样的：

图2 我做的cladogram图

美颜攻略

下面就来告诉大家如何将图二美化成图一的样子：

首先，观察第一张图，仔细观察后发现该图漂亮的原因是作者只保留了具有显著差异的分类单元分支，而将无差异点（黄色）进行了过滤去除。

在一般流程下基于LEfSe分析获得的树图分支过多，主要由无差异点（黄色）造成。

于是，提示我们可以从LEfSe流程分析的中间文件.lefse_internal_res入手进行编辑：

将LEfSe分析第二步(LDA Effect Size)的结果文件Galaxy12-[B)LDA_Effect_Size(LEfSe)_on_data_11].lefse_internal_res下载下来，使用notepad编辑器打开，该文件记录了每一个分类单元在各组的统计差异显著性结果，打开如下：