前言
刚刚结束了本年度的最后一次扩增子课程和宏基因组课程（都是爆满，2020年的课程提前开始报名了。就看后面的转录组和单细胞课程的参与度了），数据分析得到的大部分结果都可以用ImageGP绘图展示。在运行流程之余，收到学员的反馈，说希望有一个手册来熟悉网站有哪些功能。在此之前，我们也零星收到一些关于网站的使用咨询和功能建议，因次借这次的ImageGP答疑，来给ImageGP正正名，是的，它不是imagp，也不是imap，更不是GPS（此处有个省略50字的悲伤故事）。它是ImageGP — 画个Picture。
功能简介
前方网站功能高能·真不是报菜名：
线图，GO富集泡泡图，热图，箱线图，散点图，柱状图，火山图，曼哈顿图，直方图，韦恩图，密度图，桑基图，PiCrust，UpsetView，PCA，PCoA, CPCoA，LEfSe，Bugbase，FAPROTAX。相信只要我描述的功能够多，路人的使用速度就追不上我。
- R语言 - 基础概念和矩阵操作
- 热图绘制
- R语言 - 热图美化
- R语言 - 线图绘制
- R语言 - 线图一步法
- R语言 - 箱线图（小提琴图、抖动图、区域散点图）
- R语言 - 火山图
- R语言 - 富集分析泡泡图
- R语言 - 散点图绘制
- R语言 - 韦恩图
- R语言 - 柱状图
- R语言 - 图形设置中英字体
- 一文看懂PCA主成分分析
- 读懂PCA和PCoA
- R包reshape2，轻松实现长、宽数据表格转换
- 桑基图riverplot
- LEfSe分析，你真的懂了么
- 16S功能预测 0概述 1KO通路PICRUSt 2元素循环FAPROTAX 3表型bugbase
使用指南
使用很简单，和把大象放冰箱里的步骤数一样 — 导入数据，选择参数，“PLOT”出图。(当然，更简单的我不告诉你：点一下Demo就好)
- 数据导入：
目前imageGP只能通过Ctrl C V的形式粘贴数据，并且要特别注意导入的数据是长表格还是宽表格（这在教程中也有解释）；
每一图的文件数据必须是由制表符（
tab键，在ESC下面）分隔的内容，并且一定要注意是否需要标题行，列名字不能以数字开头，除数字、字母、下划线外不能有空格等其他字符，暂时还不支持中文。 - 参数属性设置：除了PiCrust，LEfSe，Bugbase和FAPROTAX（可参照示例数据使用），其他的每种绘图页面的最上端都有一个使用示例的图示，右边展示的是结果，左边是制作结果的导入数据和参数设置，刚开始使用时可以参照模仿，确定熟悉自己的数据再调换参数。
绘图前一定要知道自己想要的图长什么样，横轴是哪一列信息，纵轴是哪一列信息，颜色代表哪一列信息，大小代表哪一列信息，想好了，也就选出来了。
参数 | 内容 | 图 |
|---|---|---|
Essential parameters（必要参数） | 选择X,Y轴和图例变量，并且可以选择变量排列顺序和颜色 | 线图；GO富集泡泡图；箱线图；散点图；柱状图；火山图；曼哈顿图；直方图；UpsetView；密度图；桑基图；PCA；PCoA；CPCoA； |
Data preprocess (数据预处理) | 可以选择对X，Y轴变量进行处理以及如何处理 | 线图；箱线图；柱状图；直方图；密度图；PCA； |
Layout | 设置图例的位置，线条粗细和是否平滑，以及x轴刻度标记的倾斜度。 | 线图；GO富集泡泡图；热图；箱线图；散点图；柱状图；火山图；曼哈顿图；直方图；韦恩图；密度图；PCA；PCoA；CPCoA； |
Add extra elements（添加其他元素） | 在原图上加上一些注释线，说明相应位置对应的信息 | 线图； |
Modify plot titles（修改图的标题） | 修改主图和图中X,Y轴的标题 | 线图；GO富集泡泡图；箱线图；散点图；柱状图；火山图；曼哈顿图；直方图；韦恩图；密度图； |
Plot titles and colors（图的标题和颜色） | 修改图的标题，颜色向量和颜色类型 | 热图； |
Picture attributes（图片属性） | 修改图片属性，图片长宽度 (一般可以自使用)和颜色值，数据多的时候可以设置大一些，保证可看性。 | 线图；GO富集泡泡图；热图；箱线；图；散点图；柱状图；火山图；曼哈顿图；直方图；韦恩图；UpsetView；密度图；桑基图；PCA；PCoA；CPCoA； |
Cluster parameters（聚类参数） | 选择是否聚类，以及计算聚类的方法和距离矩阵计算方法 | 热图； |
Annotation matrix（注释矩阵） | 导入注释矩阵信息，注意注释矩阵的第一列需要和数据矩阵的第一列一致 | 热图； |
- 结果生成：成功操作上面两步，并且没有出现任何提示信息，比如
ERROR或错误等字符，就可以点击PLOT来得到自己的结果图 (图谱单击可放大)。为了满足期刊投稿要求，因此目前网站设置的统一字体是“Arial”格式，提供PDF格式下载。
上图报错是因为热图绘制过程中，数据矩阵和注释矩阵信息未匹配。(提示信息一般都比较清楚，优先读英文信息，中文信息部分为自动翻译，还未做校正)
- 结果导出： 生成的结果图会在网页下端的“Plot area”区域，点击图片就会放大，导出的文件也是PDF格式的矢量图，有时候直接打开会因为篇幅有限，字符显示不全，这个时候可以导入Adobe Illustration修改，增大画板或者做其他处理。
Mannul & FAQ
教程Manuals：目前已整理出了数据格式简介，线图、GO富集分析图、热图的使用解读。
常见问题 FAQ：
有问题的时候不妨先来看看这里怎么处理，无论是必须参数，还是长表格和宽表格的选择，这里都有答案。参数中的variable输入的是列的名字，对大小写敏感 (现在采用了下拉框形式，没有烦扰了)。
和您同行
Code wall：设置代码墙是想同时展示图和核心代码，主要是想整理一些复杂的组合图，一步生成，方便用户更好理解学习绘图思路，增强结果可操作性。不过目前刚刚起步，各种内容也待更新，不知道看到这的您是否有兴趣提键盘来参与这一章的编写。
意见反馈：顾名思义，意义深远，源远流长，长天一色共秋水看imagePG，我们需要您的意见反馈。欢迎扫码备注“imageGP”进群，分享您的看法。
