首先庆祝一下昨天的RNA-seq这十年(3万字长文综述)阅读量破万,很不容易,在我们这个小众领域,太干货往往意味着被人敬而远之。发朋友圈庆祝的时候引起了Y叔的注意,提到了他这边有个神器需要跟大家分享,顺便看看粉丝们的号召力,是否能再现破万阅读量神话!
写在前面
大名鼎鼎的Y叔我就不过多介绍了,相信生信技能树的粉丝们都很了解了,我们的第一届人才发展论坛学术专场重量级嘉宾,招博士,通知见:Y叔招硕博士、博士后一起搞生信或被生信搞
下面是Y叔原文
无意中发现神器,自己爽,
不如大家都来一起爽。
当年我准备考博的时候,健康院某PI(本来的意向导师)找我帮他在iMac上安装盗版的Papers
(文献管理器)和Illustrator
(PS的兄弟),安装后,跟我说:“我们做科研的,最重要的软件就是Papers和Illustrator。”,当然后来感觉挺坑我,就放弃了。
这么多年过去了,至今这两个软件我都没用过!我画图,追求的是全部由代码产生,至今还没有修图的需求,也就没有试过Illustrator
了。
Illustrator
必须有些门槛,而且关键是Adobe
绑死在PDF上,实际上如果80%的问题都可以用PowerPoint
解决,剩下那20%,反正也不常用。而PowerPoint
的优点是没有门槛,傻瓜式操作,像我这种怀疑自己智商的人,都会用啊!
要是R
画的图,能够在PowerPoint
里面编辑就好了!
要是R
画的图,能够在PowerPoint
里面编辑就好了!
要是R
画的图,能够在PowerPoint
里面编辑就好了!
在`PPT`中编辑你的图
这里我们需要一个神器export
包,安装很简单,因为在CRAN
上。
install.packages("export")
library(export)
举个例子,下面这个图,用lattice
画出来:
library(effects)
fit=lm(prestige ~ type income*education, data=Prestige)
plot(Effect(c("income", "education"), fit),multiline=T, ci.style="bands")
画出来是这样子滴:
然后有了export
包的助攻之后,我们只需要一句语句,就可以把这个图导出到PPT
中去:
graph2ppt(file="effect plot.pptx", width=7, height=5)
然后只要你在PPT中取消组合,那么所有的元素都是分离的,而且是矢量格式,你可以修改字体,改大小,改颜色,等等。
改完之后,你如果想导出为PDF的话,那么图片在导出的PDF中,也是矢量的。不单是此处举例用的lattice,base plot和ggplot2都是支持的。
可以导出各种文件
这个包提供了各种函数,你可以通过graph2doc
导出到Word
,还支持通过graph2office
导出到LibreOffice
。
- graph2bitmap
- graph2doc
- graph2eps
- graph2jpg
- graph2office
- graph2pdf
- graph2png
- graph2ppt
- graph2svg
- graph2tif
- graph2vector
而且更为良心的是,连表格也是支持的。
- table2csv
- table2csv2
- table2doc
- table2excel
- table2html
- table2office
- table2ppt
- table2spreadsheet
- table2tex
后记
R语言可视化,能玩到Y叔这个境界的我还没看到第二个!