从使用上区分
Mvc主要用于构建网站，在后端实现了一套完整的MVC开发框架，默认使用Razor视图引擎。
Webapi主要用于构建Restful服务，提供了较为完整的http语义支持，主要用来做开放API，更抽象，更不注重View的生成。
从自身实现上区分
两种框架主要是在Asp.Net的基础上进行改造，主要是对HttpModule和HttpHandler做了扩展，但是实现思路不一样。
Mvc像是在一层上建了第二层，引伸出更强大的路由机制，实现了诸如MvcHandler和ControllerFactory这种消息处理和后台控制器方法选择机制。
Webapi除了扩展了前者以外，另外写出了一套独立的，独立于Asp.Net的消息处理管道，就像是借鉴原来房子的模型，重新设计出了另外一套别墅。
因为实现上的差异，导致的结果就是MVC只能寄宿于IIS上（不考虑.net core），就像Webform的寄宿方式。
WebApi可以部署在IIS里，也可以寄宿在不同的宿主上（寄宿的本质就是利用一个具体的应用程序为Web Api提供一个运行的环境，并解决请求的接收和响应的回复），如Web Host，Self Host方式，这和WCF是相似的。
何况它们两者虽然都有Controller和Action，但是请求的处理和响应的回复机制也是不同的，比如说Web Api处理消息有两个核心类是HttpRequestMessage和HttpResponseMessage。
这两种框架最多只能说是模式上类似，实现上还是有很大差别的。
从部署角度区分
MVC只能寄宿于IIS上（不考虑.net core），就像Webform的寄宿方式。
WebApi可以部署在IIS里，也可以寄宿在不同的宿主上（寄宿的本质就是利用一个具体的应用程序为Web Api提供一个运行的环境，并解决请求的接收和响应的回复），如Web Host，Self Host方式，这和WCF是相似的。
从资源返回类型区分
WebAPI支持内容协商（根据客户端能接受的格式要求，返回相应的JSON，XML，ATOM等格式）。
MVC只能利用Json Result返回JSON数据类型。
从路由角度区分
Web API根据HTTP谓语动词来映射Action，但MVC只是映射Action名称。
从代码角度区分
mvc代码在System.Web.Mvc中，Controller继承System.Mvc.Controller
webapi代码在System.Web.Http程序集中，Controller继承的是System.web.http.ApiController
WebApi在提供数据方面，是比MVC更加轻量的架构。
