经常要配置生物信息/深度学习电脑环境?一文少花90%看教程的时间

2024-09-15 10:22:29 浏览数 (1)

由于本人对Linux系统学艺不精,在摸索的过程中多次由于不明原因搞崩系统,包括但不限于:低估数据分析的过程性文件大小,储存溢出;没有安装虚拟环境,软件包、脚本之间不兼容,项目被迫shutdown。

并且,中间又穿插了笔记本CPU烧掉、换电脑、装机等过程。因此在此过程中积累了丰富的Linux幼崽配置经验,为了方便日后再出现此类情况,故把完整流程附上,以节约时间。

声明:本教程为一系列繁琐过程的整合,适用于有一定环境配置基础的,但又不想花时间再过一遍网上教程的人,如有步骤表达不明确请自行到各大平台检索。

Python环境安装

官网下载anaconda3,安装过程选择默认,记得勾选将anaconda放入环境变量。

在开始菜单搜索anaocnda prompt

创建一个环境

代码语言:{shell}复制
conda create -n py39 python=3.9
conda create -n py39 python=3.9 -c #网络差时用于指定channel
conda remove -n py39 --all #删除环境
conda config --add channels 持久通道地址,记得加s!!
conda config --remove channels 去除持久通道地址,记得加s!!
conda list  #查看该环境下的包

如果想看详细的配置文件里面有什么

代码语言:{shell}复制
conda config --show #查看配置文件的所有信息
conda config --get #查看配置文件里channel的信息

通道(channel),其实就相等于下载地址

上pytorch官网,点击get started按照自己的配置来复制安装命令,stable为稳定版本,preview为抢先版。有独立显卡才安装cuda版本。

确保CUDA Driver版本领先于CUDA Runtime版本,否则Runtime的新功能有可能无法在显卡上实现

确定自身GPU cuda,命令行输入:nvidia-smi

如果没有显示东西,有可能是没安装显卡驱动,请到对应官网安装

验证pytorch是否安装成功

代码语言:{shell}复制
conda activate 环境名字
python
import torch
torch.cuda.is_available()

安装pytorch,勾选全部,包括环境变量。

新建project时依次选“custom environment”,“generate new”,base python的位置“E:developanacondaenvpy39toolspython.exe”(anaconda中tools里面有启动项)

在选择环境的时候,请坚定不移地选择绿色的圆圈所标示的conda environment,不要碰其他的

否则你就会无缘无故的下载多了两个什么也没有配置好的环境否则你就会无缘无故的下载多了两个什么也没有配置好的环境

jupyter环境配置

如何把默认路径改为自己的开发环境

jupyter在7.*以上的,修改配置文件,已经没有c.notebook.dir。需要查找The directory to use,对root_dir进行修改(记得去掉注释和注释前的空格)

删环境变量的时候不要删错了

教程参考

https://www.cnblogs.com/zwt20120701/p/11253297.html#:~:text=菜单中打开Anaconda Prompt 输入命令 jupyter notebook --generate-config 根据上面运行处的路径打开C:UsersHS.jupyterjupyter_notebook_config.py文件 第二步:更改配置,c.NotebookApp.notebook_dir = '' ,去掉该行前面的“#”( 注意:这行前面也不能有空格哦 ); 在打算存放文件的位置先新建一个文件夹(很重要,最好是英文的) ,然后将新的路径填在单引号中,保存配置文件

各软件官方网站

https://www.anaconda.com/download/

https://www.jetbrains.com/edu-products/download/#section=pycharm-edu

https://pytorch.org/get-started/locally/

https://www.nvidia.cn/drivers/lookup/

各类镜像

清华镜像

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main

北京外国语大学镜像

https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main

阿里巴巴镜像

http://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/main

自己看过的优秀网络教程

https://www.bilibili.com/video/BV1S5411X7FY?p=23&vd_source=091ff76baf38fbce1e367eb6b6daace7

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