R学习笔记(4): 使用外部数据

来源于：R学习笔记(4): 使用外部数据

博客：心内求法

鉴于内存的非持久性和容量限制，一个有效的数据处理工具必须能够使用外部数据：能够从外部获取大量的数据，也能够将处理结果保存。R中提供了一系列的函数进行外部数据处理，从外部数据的类型可以分为文件、数据库、网络等；其中文件操作还可以区分为导入/导出操作和流式操作。

1 数据框
- 1.1 列表
- 1.2 数据框
- 1.3 编辑数据框
2 CSV文件的导入导出
- 2.1 文件格式
- 2.2 read.table()和write.table()
- 2.3 scan()和cat()
3 使用连接（connection）
- 3.1 连接的类型
- 3.2 输出到连接
- 3.3 从连接输入
- 3.4 二进制连接
4 一些特定的文件格式
5 使用关系数据库
- 5.1 包 DBI 和 RMySQL
- 5.2 RODBC
6 网络接口及外部工具
7 处理大数据

1 数据框

前面仅仅提到：

列表（list）和数据框（data frame）分别是向量和矩阵的泛化——列表允许包含不同类型的元素，甚至可以把对象作为元素；数据框允许每列使用不同类型的元素。对于列表和数据框，其中的元素通常称为分量（components）。

因为外部数据的处理涉及到数据框，这里对列表和数据框进行更详细的说明。

1.1 列表

列表的分量可以是不同的类型，使用list()函数可以创建列表：

代码语言：javascript复制

> x = list(name="Fred", wife="Mary", no.children=3, child.ages=c(4,7,9))
> x
$name
[1] "Fred"

$wife
[1] "Mary"

$no.children
[1] 3

$child.ages
[1] 4 7 9

列表元素可以通过几种不同的索引进行访问：

代码语言：javascript复制

> x[[1]]
[1] "Fred"
> x[1][1]
$name
[1] "Fred"

> x["name"][1]
$name
[1] "Fred"
> x$name
[1] "Fred"

1.2 数据框

数据框是一种特殊的列表，是和矩阵类似的一种结构。在数据框中，列可以是不同的对象。可以把数据框看作是一个行表示观测个体并且（可能）同时拥有数值变量和分类变量的 `数据矩阵' ，行和列可以通过矩阵的索引方式进行访问。

下面是例子：

代码语言：javascript复制

> L3 = LETTERS[1:3]
> L3
[1] "A" "B" "C"
> d = data.frame(cbind(x = 1, y = 1:10), fac = sample(L3, 10, replace = TRUE))
> d
   x  y fac
1  1  1   B
2  1  2   A
3  1  3   C
4  1  4   C
5  1  5   B
6  1  6   A
7  1  7   A
8  1  8   B
9  1  9   B
10 1 10   A
> d$x
 [1] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
> d[[2]]
 [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10
> d[1][1]
   x
1  1
2  1
3  1
4  1
5  1
6  1
7  1
8  1
9  1
10 1

数据框是非常有用的工具。R中还提供了合并数据框的函数。对于两个有相同列的数据框，可以用merge()函数进行合并，可以指定安装哪一个列进行合并：

代码语言：javascript复制

> x <- data.frame(k1 = c(NA,NA,3,4,5), k2 = c(1,NA,NA,4,5), data = 1:5)
> y <- data.frame(k1 = c(NA,2,NA,4,5), k2 = c(NA,NA,3,4,5), data = 1:5)
> x
  k1 k2 data
1 NA  1    1
2 NA NA    2
3  3 NA    3
4  4  4    4
5  5  5    5
> y
  k1 k2 data
1 NA NA    1
2  2 NA    2
3 NA  3    3
4  4  4    4
5  5  5    5

> merge(x,y)
  k1 k2 data
1  4  4    4
2  5  5    5
> merge(x,y,by='k1')
  k1 k2.x data.x k2.y data.y
1  4    4      4    4      4
2  5    5      5    5      5
3 NA    1      1   NA      1
4 NA    1      1    3      3
5 NA   NA      2   NA      1
6 NA   NA      2    3      3

> merge(x, y, by = c("k1","k2"))
  k1 k2 data.x data.y
1  4  4      4      4
2  5  5      5      5
3 NA NA      2      1

1.3 编辑数据框

前面提到data.entry()函数可以打开数据编辑器，但是不适用于数据框。如果用data.entry()修改了数据框，会转换成列表(list)类型。

编辑数据框需要使用edit()函数：

代码语言：javascript复制

> xnew = edit(xold)
edit()函数只是编辑，并不赋值。如果要直接修改数据框，需要使用如下的形式：
> x = edit(x)
> fix(x)        #等价于上面的形式

2 CSV文件的导入导出

R中处理文本文件主要是使用read.table()函数将数据读入数据框；如果要对导入方式进行复杂的控制，开可以使用古老的scan()。注：scan处理处理文件导入外，还可以直接接受键盘输入。

在本系列的一开始，我们提到了工作空间，可以使用函数getwd()和setwd()来获取/设置工作空间目录；使用list.files()查看当前目录下的文件。

对于工作空间中的文本文件，可以使用相对路径操作，其他文件要使用绝对路径。

2.1 文件格式

R支持丰富的文件格式，支持CSV、FIX、DIF、XML等文本格式和DBF、XLS、HDF5、netCDF等二进制格式。

对于CSV文件，R认为最理想的是如下的格式：

	Price	Floor	Area	Rooms	Age	Cent.heat
01	52.00	111.0	830	5	6.2	no
02	54.75	128.0	710	5	7.5	no
03	57.50	101.0	1000	5	4.2	no
04	57.50	131.0	690	6	8.8	no
05	59.75	93.0	900	5	1.9	yes

即，第一行为数据框各分量的名字，随后的每一行第一项为行标签，其余为数据。

如果不符合这样的默认格式，需要在导入函数中指定特定的参数。

2.2 read.table()和write.table()

最常用的方式是使用read.table()函数和write.table()处理CSV文件的导入导出。函数read()和write()只能处理矩阵或向量的特定列，而read.table()和write.table()可以处理包含行、列标签的数据框。

read.talbe()函数读取文件并返回一个数据框：

代码语言：javascript复制

read.table(file, header = FALSE, sep = "", quote = ""'",
           dec = ".", row.names, col.names,
           as.is = !stringsAsFactors,
           na.strings = "NA", colClasses = NA, nrows = -1,
           skip = 0, check.names = TRUE, fill = !blank.lines.skip,
           strip.white = FALSE, blank.lines.skip = TRUE,
           comment.char = "#",
           allowEscapes = FALSE, flush = FALSE,
           stringsAsFactors = default.stringsAsFactors(),
           fileEncoding = "", encoding = "unknown", text)

一些主要的参数：

file : 要处理的文件。可以用字符串指定文件名，也可以使用函数，如：file('file.dat',encoding='utf-8')
header：首行是否为字段名。如果不指定，read.table()会根据行标签进行判断，即如果首行比下面的行少一列，就是header行
col.names: 如果指定，则用指定的名称替代首行中的列名称
sep：指定分隔符。默认为空白符（空格，制表符，换行符等）。可以指定为' ', 't'等
quote：指定字符串分隔符，如" 或 '
na.strings: 指定缺损值。默认为NA
fill ：文件中是否忽略了行尾字段。如果有，必须指定为 TRUE
strip.white:是否去除字符串字段首尾的空白
blank.lines.skip:是否忽略空白行，默认为TRUE。如果要指定为FALSE，需要同时指定 fill = TRUE 才有效
colClasses:指定每个列的数据类型
comment.char : 注释符。默认使用#作为注释符号，如果文件中没有注释，指定comment.char = "" 会比较安全（也可能让速度比较快）

为了使用方便，read.table()函数还提供了一些变体，这些变体为read.table()的一些参数设定了默认值：

代码语言：javascript复制

read.csv(file, header = TRUE, sep = ",", quote = """,
         dec = ".", fill = TRUE, comment.char = "", ...)

read.csv2(file, header = TRUE, sep = ";", quote = """,
          dec = ",", fill = TRUE, comment.char = "", ...)

read.delim(file, header = TRUE, sep = "t", quote = """,
           dec = ".", fill = TRUE, comment.char = "", ...)

read.delim2(file, header = TRUE, sep = "t", quote = """,
            dec = ",", fill = TRUE, comment.char = "", ...)

write.table()的参数要少一些：
write.table(x, file = "", append = FALSE, quote = TRUE, sep = " ",
            eol = "n", na = "NA", dec = ".", row.names = TRUE,
            col.names = TRUE, qmethod = c("escape", "double"),
            fileEncoding = "")

一些参数的说明：

x 要写入的对象的名称
file 文件名(缺省时对象直接被“写”在屏幕上)
append 是否为增量写入
quote 一个逻辑型或者数值型向量:如果为TRUE,则字符型变量和因子写在双引号""中;若quote是数值型向量则代表将欲写在""中的那些列的列标。(两种情况下变量名都会被写在""中;若quote = FALSE则变量名不包含在双引号中)
sep 文件中的字段分隔符
eol 指定行尾符，默认为'n'
na 表示缺失数据的字符
dec 用来表示小数点的字符
row.names 一个逻辑值,决定行名是否写入文件;或指定要作为行名写入文件的字符型向量
col.names 一个逻辑值(决定列名是否写入文件);或指定一个要作为列名写入文件中的字符型向量
qmethod 若quote=TRUE,则此参数用来指定字符型变量中的双引号"如何处理: 若参数值为"escape" (或者"e",缺省)每个"都用"替换;若值为"d"则每个"用""替换

类似的，write.table()也提供了一些变体：

write.csv(…)

write.csv2(…)

示例：将前面的例子保存为工作空间下的文件，然后执行命令：

代码语言：javascript复制

> x = read.table('sample.csv',sep='t')
> x
  V1    V2    V3   V4    V5  V6        V7
1 NA Price Floor Area Rooms Age Cent.heat
2  1 52.00 111.0  830     5 6.2        no
3  2 54.75 128.0  710     5 7.5        no
4  3 57.50 101.0 1000     5 4.2        no
5  4 57.50 131.0  690     6 8.8        no
6  5 59.75  93.0  900     5 1.9       yes

使用fix(x)编辑数据后，用write.table(x,'sample1.csv')保存。

2.3 scan()和cat()

read.table()很方便，但是处理大矩阵时的效率很低，比如你可以实验一下一个不太大（200x2000)的矩阵操作：

代码语言：javascript复制

>write.table(matrix(rnorm(200*2000), 200), "matrix.dat", row.names=F, col.names=F)
> A <- as.matrix(read.table("matrix.dat"))      #需要大概7秒

read.table()调用了scan()读取文件，然后对结果进行处理。如果直接使用scan()读取，效率会更高：

代码语言：javascript复制

> A <- matrix(scan("matrix.dat", n = 200*2000), 200, 2000, byrow = TRUE)    #需要大概2秒

当矩阵的规模更大时，这种差异会更加突出。 scan()函数比read.table()要更加灵活,一个非常主要的区别是scan()可以指定变量的类型，避免类型校验带来的开销：

代码语言：javascript复制

scan(file = "", what = double(), nmax = -1, n = -1, sep = "",
     quote = if(identical(sep, "n")) "" else "'"", dec = ".",
     skip = 0, nlines = 0, na.strings = "NA",
     flush = FALSE, fill = FALSE, strip.white = FALSE,
     quiet = FALSE, blank.lines.skip = TRUE, multi.line = TRUE,
     comment.char = "", allowEscapes = FALSE,
     fileEncoding = "", encoding = "unknown", text)

同理，cat()函数也比write.table()灵活：

代码语言：javascript复制

cat(... , file = "", sep = " ", fill = FALSE, labels = NULL,
    append = FALSE)

3 使用连接（connection）

R中的连接（Connections）提供了一组函数，实现灵活的指向类似文件对象的接口，以代替文件名的使用。使用连接的基本步骤：

创建连接
打开连接
操作数据
关闭连接

R中通过函数 showConnections() 可以列出当前用户打开的连接。通过函数 showConnections(all = TRUE) 则可以查看所有连接的汇总信息，包括已经关闭或终止的连接。

3.1 连接的类型

R可以把很多种数据源都看做连接，包括：

文件 file()函数创建一个文件连接，可以打开文本文件或二进制文件。对于gzip或bzip2压缩的文件，可以使用gzfile()和bzfile()函数创建连接。
标准I/O R中可以使用stdin()、stdout()、stderr()函数建立到标准I/O的连接。这些连接不需要打开就能直接使用，而且不能关闭。
字符向量 R中甚至允许以一个字符向量作为输入或输出。使用textConnection()函数创建到字符向量的连接。
管道（Pipes) UNIX中的管道有着非凡重要的意义，可以非常简单的实现进程间通信。R函数pipe()可以创建管道连接。
URL

URL 类型的 http://，ftp:// 和 //localhost/ 可以通过函数 url 读内容。为方便起见，file 也可以接受这种文件规范和调用url。

socket

函数socketConnection()可以创建socket连接

3.2 输出到连接

直接看例子：

代码语言：javascript复制

zz <- file("ex.data", "w")  # 打开一个输出文件连接
     cat("TITLE extra line", "2 3 5 7", "", "11 13 17",
         file = zz, sep = "n")
     cat("One more linen", file = zz)
     close(zz)

     ## 使用管道（Unix）在输出中把小数点转换成逗号
     ## R字符串和（可能）SHELL脚本中都需要把  写两次
     zz <- pipe(paste("sed s/\\./,/ >", "outfile"), "w")
     cat(format(round(rnorm(100), 4)), sep = "n", file = zz)
     close(zz)
     ## 现在查看输出文件：
     file.show("outfile", delete.file = TRUE)

     ## 捕获R输出：使用 help(lm) 里面的例子
     zz <- textConnection("ex.lm.out", "w")
     sink(zz)
     example(lm, prompt.echo = "> ")
     sink()
     close(zz)
     ## 现在 `ex.lm.out' 含有需要进一步处理的输出内容
     ## 查看里面的内容，如
     cat(ex.lm.out, sep = "n")

3.3 从连接输入

从连接读入数据的基本函数是scan 和 readLines。这些函数有个以字符串作为输入的参数，在函数调用时会打开一个文件连接，但显式地打开文件连接允许一个文件可以连续地以不同格式读入。调用 scan 的其它函数也可以使用连接，特别是 read.table。一些简单的例子如下:

代码语言：javascript复制

## 读入前面例子中创建的文件
readLines("ex.data")
unlink("ex.data")

## 读入当前目录的清单（Unix）
readLines(pipe("ls -1"))

# 从输入文件中去掉拖尾的逗号。
# 假定我们有一个包含如下`数据'的文件
450, 390, 467, 654,  30, 542, 334, 432, 421,
357, 497, 493, 550, 549, 467, 575, 578, 342,
446, 547, 534, 495, 979, 479
# 然后通过如下命令读入
scan(pipe("sed -e s/,$// data"), sep=",")

从连接输入数据还可以使用压栈操作。类似于C语言中的ungetc函数，R中的pushBack()函数可以把任意数据压入给连接。压入后的数据以堆栈方式存储（FILO)。栈不为空时从栈中取数据，栈为空才从连接输入数据。

例子如下：

代码语言：javascript复制

> zz <- textConnection(LETTERS)
     > readLines(zz, 2)
     [1] "A" "B"
     > scan(zz, "", 4)
     Read 4 items
     [1] "C" "D" "E" "F"
     > pushBack(c("aa", "bb"), zz)
     > scan(zz, "", 4)
     Read 4 items
     [1] "aa" "bb" "G"  "H"
     > close(zz)

压栈操作仅适用于文本输入模式的连接。

3.4 二进制连接

在打开连接时用'b'设置二进制方式，如'rb','wb'等，则可以使用readBin()和writeBin()函数进行二进制方式的读写。函数说明如下：

代码语言：javascript复制

readBin(con, what, n = 1, size = NA, endian = .Platform$endian)
writeBin(object, con, size = NA, endian = .Platform$endian)

其中：

con 要打开的连接。如果给定的是字符串，它会被假定是文件名字。
what 说明向量的类型/模式。比如 numeric，integer，logical，character， complex 或 raw 。可以用函数如integer()或字符串如'integer'作为参数。
n 要读入的最大元素数量
size 指定字节数。比如，通过设定size可以读写16位的整数或单精度的实数。
object 要写入的对象，必须是原子型向量对象，也就是没有属性的 numeric，integer，logical，character， complex 或 raw 模式的向量。默认情况下，这些以和内存里面完全一样字节流的写入文件的。

4 一些特定的文件格式

DBF文件：使用read.dbf()和write.dbf()函数进行读写

XLS文件：最好转换成csv再导入，如果一定要直接使用XLS，可以用RODBC操作，参考后面的数据库部分；

FIX文件：使用read.fwf()、 read.fortran()导入；

DIF文件：使用read.DIF()导入；也可以使用read.DIF('clipboard')读取剪贴板中的数据；

XML文件：包XML 提供了对xml文件的支持。

HDF5文件：使用包hdf5处理

netCDF文件：使用包RNetCDF处理

foreign包提供了一些函数，可以导入EpiInfo, Minitab, S-PLUS, SAS, SPSS, Stata, Systat、Octave等软件的数据文件；可以导出Stata和SPSS的数据文件。

5 使用关系数据库

R中提供了不同抽象层次上的连接数据库的包，比如底层的DBI ，上层的RMySQL、 ROracle、 RSQlite、RODBC等。

此外还有一个把R嵌入PostgreSQL 的项目：http://www.joeconway.com/plr/ 。

5.1 包 DBI 和 RMySQL

MySQL是很常用的开源数据库。CRAN的包RMySQL提供了对MySQL数据库的访问支持：

使用dbDriver("MySQL")获取数据库连接管理对象。类似的，其他的包中也提供了dbDriver("Oracle") ， dbDriver("SQLite")的方式。
调用dbConnect打开一个数据库连接
使用dbSendQuery()或 dbGetQuery()发送查询。其中dbGetQuery 传送查询语句，把结果以数据框形式返回。dbSendQuery 传送查询，返回的结果是继承"DBIResult"的一个子类的对象。"DBIResult" 类可用于取得结果，而且还可以通过调用 dbClearResult 清除结果。
使用fetch()函数获得查询结果的部分或全部行，并以列表返回。函数 dbHasCompleted 确定是否所有行已经获得了，而 dbGetRowCount 返回结果中行的数目。
函数dbReadTable 和 dbWriteTable 可以在R数据框和数据库表之间传递数据，数据框的行名字映射到 MySQL 表的 rownames 字段。
dbDisconnect()用于关闭数据库连接

下面是例子：

代码语言：javascript复制

> library(RMySQL) # will load DBI as well
## 打开一个MySQL数据库的连接
> con <- dbConnect(dbDriver("MySQL"), dbname = "test")
## 列出数据库中表
> dbListTables(con)
## 把一个数据框导入到数据库，删除任何已经存在的拷贝
> data(USArrests)
> dbWriteTable(con, "arrests", USArrests, overwrite = TRUE)
TRUE
> dbListTables(con)
[1] "arrests"
## 获得整个表
> dbReadTable(con, "arrests")
               Murder Assault UrbanPop Rape
Alabama          13.2     236       58 21.2
Alaska           10.0     263       48 44.5
Arizona           8.1     294       80 31.0
Arkansas          8.8     190       50 19.5
...
## 从导入的表中查询
> dbGetQuery(con, paste("select row_names, Murder from arrests",
                        "where Rape > 30 order by Murder"))
   row_names Murder
1   Colorado    7.9
2    Arizona    8.1
3 California    9.0
4     Alaska   10.0
5 New Mexico   11.4
6   Michigan   12.1
7     Nevada   12.2
8    Florida   15.4
> dbRemoveTable(con, "arrests")
> dbDisconnect(con)

5.2 RODBC

CRAN 里面的包 RODBC 提供了 ODBC的访问接口：

odbcConnect 或 odbcDriverConnect （在Windows图形化界面下，可以通过对话框选择数据库）可以打开一个连接，返回一个用于随后数据库访问的控制（handle）。打印一个连接会给出ODBC连接的一些细节，而调用 odbcGetInfo 会给出客户端和服务器的一些细节信息。
在一个连接中的表的细节信息可以通过函数 sqlTables 获得。
函数 sqlSave 会把 R 数据框复制到一个数据库的表中，而函数 sqlFetch 会把一个数据库中的表拷贝到一个 R 的数据框中。
通过sqlQuery进行查询，返回的结果是 R 的数据框。（sqlCopy把一个查询传给数据库，返回结果在数据库中以表的方式保存。）一种比较好的控制方式是首先调用 odbcQuery，然后用 sqlGetResults 取得结果。后者可用于一个循环中每次获得有限行，就如函数 sqlFetchMore 的功能。
连接可以通过调用函数 close 或 odbcClose 来关闭。没有 R 对象对应或不在 R 会话后面的连接也可以调用这两个函数来关闭，但会有警告信息。

代码示例：

代码语言：javascript复制

> library(RODBC)
## 让函数把名字映射成小写
> channel <- odbcConnect("testdb", uid="ripley", case="tolower")
## 把一个数据框导入数据库
> data(USArrests)
> sqlSave(channel, USArrests, rownames = "state", addPK = TRUE)
> rm(USArrests)
## 列出数据库的表
> sqlTables(channel)
  TABLE_QUALIFIER TABLE_OWNER TABLE_NAME TABLE_TYPE REMARKS
1                              usarrests      TABLE
## 列出表格
> sqlFetch(channel, "USArrests", rownames = "state")
               murder assault urbanpop rape
Alabama          13.2     236       58 21.2
Alaska           10.0     263       48 44.5
    ...
## SQL查询，原先是在一行的
> sqlQuery(channel, "select state, murder from USArrests
           where rape > 30 order by murder")
       state murder
1 Colorado      7.9
2 Arizona       8.1
3 California    9.0
4 Alaska       10.0
5 New Mexico   11.4
6 Michigan     12.1
7 Nevada       12.2
8 Florida      15.4
## 删除表
> sqlDrop(channel, "USArrests")
## 关闭连接
> odbcClose(channel)

作为 Windows下面用 ODBC 连接 Excel电子表格的一个简单例子，我们可以如下读取电子表格:

代码语言：javascript复制

> library(RODBC)
> channel <- odbcConnectExcel("bdr.xls")
## 列出电子表格
> sqlTables(channel)
  TABLE_CAT TABLE_SCHEM        TABLE_NAME   TABLE_TYPE REMARKS
1 C:\bdr            NA           Sheet1$ SYSTEM TABLE      NA
2 C:\bdr            NA           Sheet2$ SYSTEM TABLE      NA
3 C:\bdr            NA           Sheet3$ SYSTEM TABLE      NA
4 C:\bdr            NA Sheet1$Print_Area        TABLE      NA
## 获得表单1的内容，可以用下面任何一种方式
> sh1 <- sqlFetch(channel, "Sheet1")
> sh1 <- sqlQuery(channel, "select * from [Sheet1$]")

注意，数据库表的规范和 sqlTables 返回的名字是不一样的： sqlFetch 可以映射这种差异。

6 网络接口及外部工具

R对于在网络连接的底层水平上交换数据，提供的支持非常有限。但是也提供了一些支持：

函数 make.socket， read.socket，write.socket 和 close.socket 提供了socket支持；

函数 download.file 通过FTP或HTTP读取来自网络资源的文件，然后写入到一个文件中；

函数 read.table 和 scan 都可以直接从一个URL读取内容，它们要么显式地用 url 打开一个连接，要么暗含地给 file 参数设定一个URL，不需要保存文件到本地；

CORBA包提供了CORBA协议的支持；

此外对于DCOM协议也有第三方的支持。

按照UNIX哲学，我们不建议在R中直接使用这些接口，而是交给外部工具来做。这里举一个外部工具的例子：

> files <- system("ls x*", intern=T) #一定要指定 intern

7 处理大数据

前面介绍了R使用外部数据的一些方法，通常这已经够用了。但是从外部获取的数据会被R放到内存中，在处理大数据时，就会遇到问题。在处理大数据时，可以采用一下的方法：

使用数据库每次从数据库中读取一部分数据进行处理。
使用连接尽管文本文件不使用连接也可以操作，但是连接提供了“流”的方式：可以分批进行读写。
使用UNIX工具可以使用Unix中 grep、awk 和 wc 等实用工具对文本文件进行预处理，然后在读入到R中，比如：

代码语言：javascript复制

> howmany <- as.numeric(system ("grep -c ',C,' file.dat"))
> totalrows <- as.numeric(strsplit(system("wc -l Week.txt", intern=T), split=" ")[[1]][1])

使用虚拟内存如果大量数据不能拆分，必须一起处理，还可以使用“虚拟内存”。包filehash可以将变量存储在磁盘上而不是内存中。还可以使用数据库：将文件读入数据库,然后再把数据库装载为环境来代替将文件读入内存的作法。用with()函数可以指定环境。

代码语言：javascript复制

> dumpDF(read.table("large.txt", header=T), dbName="mydb") > myenv<-db2env(db="mydb")
> with(mydb, z<-y x ) # 指定mydb为操作环境

Date: 2013-05-16 10:37:42 CST

Author: Holbrook

Org version 7.8.11 with Emacs version 24

Validate XHTML 1.0

本人已在github上用Jekyll建立了新的博客：http://thinkinside.tk/，本站文章会陆续迁移过去

大数据数据处理数据库 sql 云数据库MySQL

0 人点赞

R学习笔记(4): 使用外部数据

Table of Contents

1 数据框

1.1 列表

1.2 数据框

1.3 编辑数据框

2 CSV文件的导入导出

2.1 文件格式

2.2 read.table()和write.table()

2.3 scan()和cat()

3 使用连接（connection）

3.1 连接的类型

3.2 输出到连接

3.3 从连接输入

3.4 二进制连接

4 一些特定的文件格式

5 使用关系数据库

5.1 包 DBI 和 RMySQL

5.2 RODBC

6 网络接口及外部工具

7 处理大数据

本人已在github上用Jekyll建立了新的博客：http://thinkinside.tk/，本站文章会陆续迁移过去