引用语: 果然专业的编辑人员, 界面更漂亮, 排版更科学. 为前同桌点赞.
目前, 基因组选择进入了一个高速发展的阶段, 各种新的算法和模型被提出。为了解相关软件应用的整体情况，也为选择合适的软件进行全基因组选择分析提供决策，这里对基因组选择的软件进行一个汇总。
考虑到基于BLUP的分析软件，在速度、准确性和无偏性测试中比较稳健，且贝叶斯方法存在速度限制的问题，所以本次软件调研主要偏向于基于BLUP的软件。
以下是分析软件的调研结果，主要包括以下4个方面内容：
- 1, 主要软件汇总
- 2, 基因组软件介绍: 单机版
- 3, 基因组软件介绍: R语言版
- 4, 结论及建议
调研结果主要来源于三个方面：文件检索，通过客户和朋友了解，实际的软件使用经验。
1. 主要软件汇总
单机版软件
R语言软件包
2. 基因组软件介绍：单机版
2.1 DMU软件
免费软件，商业使用需要授权
网址：http://dmu.agrsci.dk 创建人：Just Jensen, Per madsen 计算机语言：FORTRAN
DMU命名：D（derivative free）：免求导；MU（multivariate）：多性状
模块：
- DMU1 : Prepare program，数据预处理和起始分析程序
- DMUAI： 约束性最大似然估计方差组分（AI，EM，AI-EM）
- DMU4： 计算BLUE值和BLUP值
- DMU5：迭代求解，预条件共轭梯度法
- RJMC：贝叶斯估算方差，Gibbs抽样
2.2 ASREML软件
商业软件：收费
网址：https://www.vsni.co.uk/software/asreml/ 创建人：Arthur Gilmour 计算机语言：FORTRANASREML ASREML命名：A：AI平均信息算法；S：稀疏矩阵；REML：约束性最大似然法
作为商业软件，其优点主要体现在：
- 1，操作简单
- 2，运算速度快
- 3，可以支持复杂模型
- 4，有技术支持
2.3 PIBLUP软件
免费软件，商业使用需要授权
网址：https://github.com/huiminkang/PIBLUP 创建人：康慧敏、刘剑锋 计算机语言：C PIBLUP命名：P：预条件共轭梯度（PCG）；I：迭代数据（IOD）；BLUP：最佳线性无偏预测
2.4 BLIPF90软件
免费软件，商业使用需要授权
网址：http://nce.ads.uga.edu/wiki/doku.php 创建人：Ignacy Misztal , Shogo Tsurute, Daniela Lourenco, Yutake Masuda, Ignacio Aguilar 计算机语言：FORTRAN BLUPF90命名：BLUP：最佳线性无偏预测；F90：Fortran 90/95
BLUPF90模块介绍:
- RENUM90: 处理数据和代码，生成模板
- BLUPF90：计算BLUP值
- AIREMLF90：使用AI，估算方差组分，计算BLUP值
2.5 WBOMBAT软件
免费软件，商业使用需要授权
网址：http://didgeridoo.une.edu.au/km/wombat.php 创建人：Karin Meyer 计算机语言：FORTRAN
2.6 MixBLUP软件
网址：http://www.mixblup.eu/ 创建人：Wageningen, Animal Breeding and Genomics 商业软件：收费 价格表:
2.7 PEST, VCE和DFREML软件
- PEST主要用于混合线性模型求解
- VCE主要用于估算方差组分
- DFREML软件, 是早期的非求导REML程序，现在演变为了WOMBAT
2.8 GVCBLUP软件
网址： https://animalgene.umn.edu/gvcblub 估算GBLUP育种值，可以计算加性效应和显性效应。
2.9 soIGS软件
网址： https://github.com/solgenomics 构建的基于Web的GS平台
3. 基因组软件介绍：R语言版
3.1 rrBLUP
可以估算rrBLUP值，估算每个SNP的效应值。
3.2 sommer
可以估算方差组分，可以计算GBLUP值。
3.3 synbreed
可以估算方差组分, 可以计算GBLUP值, 可以交叉验证。
3.4 cpgen
多线程，rrBLUP内核。
3.5 BGGE
基因与环境互作。
3.6 BGLR
里面有GBLUP的计算内核, 但主要是用于贝叶斯的计算。
3.7 GSMX
多性状全基因组选择，估算方差组分，交叉验证。
3.8 PopVar
全基因组选择，估算方差组分，交叉验证。
3.9 xbreed
基因组与系谱数据模拟软件包。
3.10 hiblup
地址: https://github.com/hiblup/hiblup 功能描述:
4. 结论及建议
目前市面上用于基因组选择的软件, 大体是以上这么多。总体而言, 传统评估软件, 比如ASREML, DMU, BLUPF90都是基于Fortran编写的, 在常规分析中应用较广, 支持的模型和矩阵结构丰富。随着基因组时代的到来, 特别是一步法的应用, 其本质将系谱构建的A逆矩阵, 替换为系谱和基因组构建的H逆矩阵, 因此这些软件在基因组选择时代也可以广泛应用。
难点在于数据量的增大, G矩阵的求逆以及方差组分估算都是一个挑战, 目前不断有新的算法和模型出现, 但具体到应用还需要时间的检验。
建议学习软件时, 以理论学习为主, 比如H矩阵构建, 方差组分估算等, 数量遗传学扎实了, 再去学习相关软件, 也相对简单。
整体而言, BLUPF90构建H矩阵相对简单, ASREML遇到错误时报错机制比较健全, DMU5和PIBLUP计算BLUP值速度很快。
