之前的教程提供了Cytoscape基础和视频、R igraph包的网络构建方法，那么在我们得到network图之后，还可以进行深一步分析，今天给大家带来基于Cytoscape软件下MCODE增强包的模块化分析。
首先我们需要下载Cytoscape的增强包MCODE，在Cytoscape官网或者软件的APP里都能找到。
下载好后，我们可以打开一个现有的network。安装好后我们可以在APP中可以看到MCODE增强包
这个network是我之前准备好的，外圈为细菌，内圈为真菌。然后直接用MCODE分析就好了。参数可以按照自己选择自行设置。大部分文章都是默认值。
在右边可以看到结果与得分
然后我们可以把他们输出出来加工成图，下面是我加工后的成图，一共6个处理。最终我们就得到了一个一个关联非常相近的小群体。
讲了这么多，可能有人会问，这个分析有什么用？
如果你分析的是单纯的微生物群组或者基因，这个分析主要能够帮我们发现在network中联系更紧密的群组或者基因。看一看每一个submodule中，菌种或者基因之间的相互作用。比较详细点的例子，大家可以仔细阅读Halary et al. (2010) Network analyses structure genetic diversity in independent genetic worlds. PNAS 107 127-132. doi.10.1073/pnas.0908978107
也有文章在分析中加入了环境指标，如Banerjee et al. 发表在EM上的一篇文章， 详细的揭示了环境指标是如何通过影响submodules来影响整个network的。
如果大家感兴趣可以阅读一下此文。Banerjee et al. 2016 Determinants of bacterial communities in Canadian agroforestry systems. Environmental Microbiology (2016) 18(6), 1805–1816. doi. 10.1111/1462-2920.12986.
Cytoscape网络图
Cytoscape网络图
- Cytoscape教程1
- Cytoscape之操作界面介绍
- 新出炉的Cytoscape视频教程
- Cytoscape制作带bar图和pie图节点的网络图
CIRCOS圈图系列
- CIRCOS圈图绘制 - circos安装
- CIRCOS圈图绘制 - 最简单绘图和解释
- CIRCOS圈图绘制 - 染色体信息展示和调整
- CIRCOS增加热图、点图、线图和区块属性
分子对接
- 来一场蛋白和小分子的风花雪月
- 不是原配也可以-对接非原生配体
- 简单可视化-送你一双发现美的眼睛
- 你需要知道的那些前奏
NGS基础和软件应用
- NGS基础 - FASTQ格式解释和质量评估
- NGS基础 - 高通量测序原理
- NGS基础 - 参考基因组和基因注释文件
- NGS基础 - GTF/GFF文件格式解读和转换
- NGS基础 - 测序原始数据下载
- 本地安装UCSC基因组浏览器
- 测序数据可视化 (一)
- IGV基因组浏览器可视化高通量测序数据
- 高通量数据分析必备-基因组浏览器使用介绍 - 1
- 高通量数据分析必备-基因组浏览器使用介绍 - 2
- 高通量数据分析必备-基因组浏览器使用介绍 - 3
- 测序文章数据上传找哪里
- GO、GSEA富集分析一网打进
- GSEA富集分析 - 界面操作
- Bedtools使用简介
- OrthoMCL鉴定物种同源基因 （安装 使用）
- Rfam 12.0 本地使用 （最新版教程）
- 轻松绘制各种Venn图
- ETE构建、绘制进化树
- psRobot：植物小RNA分析系统
- 生信软件系列 - NCBI使用
- 去东方，最好用的在线GO富集分析工具
- 2018 升级版Motif数据库Jaspar
- 一文教会你查找基因的启动子、UTR、TSS等区域以及预测转录因子结合位点
- 拿到基因两眼一抹黑？没关系，先做个基因富集分析吧！
- 科研小萌新，掌握这些技巧，轻松玩转各个基因！
- 引起相变的无序结构域（IDRs）怎么预测？跟踪热点，提升文章档次！
- 如果你经常用PubMed，那么这个插件将非常好用！
- 没钱买KEGG怎么办？REACTOME开源通路更强大
- 美女教授带你从统计学视角看转录组分析
- 我想做信号通路分析，但我就是不想学编程
- 深度好文—单碱基编辑技术之工具篇
