Aspera用法如下:
代码语言:javascript复制Usage: ascp [参数] 目标文件 保存路径
一、 Aspera下载一个SRA文件
<h3>Step 1:建立Seqs文件夹保存下载序列</h3>
代码语言:javascript复制mkdir ~/Seqs
<h3>Step 2:下载SRA文件到Seqs文件夹</h3>
代码语言:javascript复制ascp -T -i /home/xiaoming/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -l 200m anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR620/SRR6208854/SRR6208854.sra ~/Seqs/
二、 Aspera批量下载SRA文件
很多时候需要同时下载多个SRA文件,ascp命令提供参数--file-list,用于批量下载SRA文件。
<h3>Step 1:建立SRA文件路径列表文件sra_list.txt</h3>
代码语言:javascript复制nano ~/Seqs/sra_list.txt
输入以下两行文本:
代码语言:javascript复制/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR623/SRR6232298/SRR6232298.sra
/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR623/SRR6232299/SRR6232299.sra
按Ctrl O,Ctrl X保存退出
<h3>Step 2:批量下载sra_list.txt列表中的文件</h3>
代码语言:javascript复制ascp -T -i /home/xiaoming/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -l 200m --mode recv --host ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov --user anonftp --file-list ~/Seqs/sra_list.txt ~/Seqs/
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