R语言练习题10道，有答案代码，还有视频

2018-12-27 15:13:44 浏览数 (1)

试试看吧，有答案代码，还有视频

作业 1

根据R包org.Hs.eg.db找到下面ensembl 基因ID 对应的基因名(symbol)

代码语言：javascript复制
ENSG00000000003.13
ENSG00000000005.5
ENSG00000000419.11
ENSG00000000457.12
ENSG00000000460.15
ENSG00000000938.11

提示：

代码语言：javascript复制
library(org.Hs.eg.db)
g2s=toTable(org.Hs.egSYMBOL)
g2e=toTable(org.Hs.egENSEMBL)

作业 2

根据R包hgu133a.db找到下面探针对应的基因名(symbol)

代码语言：javascript复制
1053_at
117_at
121_at
1255_g_at
1316_at
1320_at
1405_i_at
1431_at
1438_at
1487_at
1494_f_at
1598_g_at
160020_at
1729_at
177_at

提示：

代码语言：javascript复制
library(hgu133a.db)
ids=toTable(hgu133aSYMBOL)
head(ids)

作业 3

找到R包CLL内置的数据集的表达矩阵里面的TP53基因的表达量，并且绘制在 progres.-stable分组的boxplot图

提示：

代码语言：javascript复制
suppressPackageStartupMessages(library(CLL))
data(sCLLex)
sCLLex
exprSet=exprs(sCLLex)   
library(hgu95av2.db)

想想如何通过 ggpubr 进行美化。

作业 4

找到BRCA1基因在TCGA数据库的乳腺癌数据集(Breast Invasive Carcinoma (TCGA, PanCancer Atlas))的表达情况

提示：使用http://www.cbioportal.org/index.do 定位数据集：http://www.cbioportal.org/datasets

作业 5

找到TP53基因在TCGA数据库的乳腺癌数据集的表达量分组看其是否影响生存

提示使用：http://www.oncolnc.org/

作业6

下载数据集GSE17215的表达矩阵并且提取下面的基因画热图

代码语言：javascript复制
ACTR3B    ANLN    BAG1    BCL2    BIRC5   BLVRA   CCNB1   CCNE1   CDC20   CDC6    CDCA1   CDH3    CENPF   CEP55   CXXC5   EGFR    ERBB2   ESR1    EXO1    FGFR4   FOXA1   FOXC1   GPR160  GRB7    KIF2C   KNTC2   KRT14   KRT17   KRT5    MAPT    MDM2    MELK    MIA MKI67   MLPH    MMP11   MYBL2   MYC NAT1    ORC6L   PGR PHGDH   PTTG1   RRM2    SFRP1   SLC39A6 TMEM45B TYMS    UBE2C   UBE2T

提示：根据基因名拿到探针ID，缩小表达矩阵绘制热图，没有检查到的基因直接忽略即可。

作业7

下载数据集GSE24673的表达矩阵计算样本的相关性并且绘制热图，需要标记上样本分组信息

作业8

找到 GPL6244 platform of Affymetrix Human Gene 1.0 ST Array 对应的R的bioconductor注释包，并且安装它！

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options()$repos
options()$BioC_mirror 
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
BiocManager::install("请输入自己找到的R包",ask = F,update = F)
options()$repos
options()$BioC_mirror

作业9

下载数据集GSE42872的表达矩阵，并且分别挑选出 所有样本的(平均表达量/sd/mad/)最大的探针，并且找到它们对应的基因。

作业10

下载数据集GSE42872的表达矩阵，并且根据分组使用limma做差异分析，得到差异结果矩阵

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