利用Chimera进行简单快速的MD

1. 所需软件：Chimera1.11以上（免费，UCSF官网可以下），优点与AMBER无缝对接
2. 有一定的MD模拟基础，懂得一般的分子力学模拟的流程;
3. Tools---MD/Ensemble Analysis----Molecular Dynamic simulation
4. GUI界面设置：prepare---->solvation---->constrain---->run parameter(包括minimization--equilibration--production)-----》RUN 就是分子动力学界WINDOWS，只需要懂得流程，鼠标点击下一步下一步就可以完成整个分子动力学模拟的过程，甚至通过chimera软件的分析模块，完成分析工作。

～～～～～～～～～～～～～～～～～～～ 总结：AMBER和amber力场占领生物分子模拟方面的1/3江山，通过上述的操作，可以实现AMBER力场（含小分子的力场参数化）工作，为菜鸟自动化完成部分高难度的工作。