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不知不觉就第6讲了，本次视频还是有干货的，毕竟是某人花了50块钱找我给他录制的，你看完就相当于赚了50块钱哦！
理论上我推荐大家一定学会R语言的，本次视频我虽然讲解的是perl，但实际上是在讲解编程思维，请仔细听
本期视频，http://v.qq.com/x/page/q0666fu082m.html
- 视频里面讲解为什么学习编程
- 一个例子
- 编程思维的获得
- perl -alne '{if($F[2] eq "transcript" ){/transcript_ids"(.*?)"/;$transcript_id=$1; /FPKMs"(.*?)"/;$fpkm=$1; /covs"(.*?)"/;$cov=$1; print "$transcript_idt$fpkmt$cov" } }' A172D2_1.gtf|head
- perl -alne '{if($F[2] eq "transcript" ){/transcript_ids"(.*?)"/;$transcript_id=$1; /FPKMs"(.*?)"/;$fpkm=$1; /covs"(.*?)"/;$cov=$1; } else{$c{$transcript_id} ;$l{$transcript_id} =(abs($F[4]-$F[3]) 1)} } END{print "$_t$c{$_}t$l{$_}" foreach keys %c}' A172D2_1.gtf|grep ENST00000446136.1
- perl -alne '{if($F[2] eq "transcript" ){/transcript_ids"(.*?)"/;$transcript_id=$1; /FPKMs"(.*?)"/;$fpkm=$1; /covs"(.*?)"/;$cov=$1; $f{$transcript_id}=$fpkm;$c{$transcript_id}=$cov } else{$c{$transcript_id} ;$l{$transcript_id} =(abs($F[4]-$F[3]) 1)} } END{print "$_t$c{$_}t$l{$_}t$f{$_}t$c{$_}" foreach keys %c}' A172D2_1.gtf|grep ENST00000446136.1
- perl -alne '{if($F[2] eq "transcript" ){/transcript_ids"(.*?)"/;$transcript_id=$1; /FPKMs"(.*?)"/;$fpkm=$1; /covs"(.*?)"/;$cov=$1; $f{$transcript_id}=$fpkm;$c{$transcript_id}=$cov } else{$counts{$transcript_id} ;$l{$transcript_id} =(abs($F[4]-$F[3]) 1)} } END{foreach (keys %c) {next if $f{$_} <1;next if $c{$_} <3; next if $counts{$_} <2;next if $l{$_} <200;print "$_t$counts{$_}t$l{$_}t$f{$_}t$c{$_}" }}' A172D2_1.gtf >need.transcripts
- 完美解决问题
- 读取文件
- 默认变量，关键词
- 按列拆分
- 判断语句
- 循环语句
- ①FPKM>=1;
- ②cov >=3;
- ③exon>=2；
- ④exon总长度>=200
- 解析需求
- 熟悉语法
- 不停的调试
- 学什么语言
- awk 建议了解基础
- perl 建议不学
- python 强烈推荐 （小学生都会）
- java 等其它可以了解（方便转行）
