Cytoscape 简介
Cytoscape是一个专注于开源网络可视化和分析的软件。软件的核心部分提供了网络显示、布局、查询等方面的基本功能。软件的核心可以通过插件架构进行扩展，这样就能快速地开发出新的功能。
Cytoscape 源自系统生物学，用于将生物分子交互网络与高通量基因表达数据和其他的分子状态信息整合在一起。虽然Cytoscape也能适用于其他分子构件和相互作用，但其最强大的功能还是用于大规模蛋白质輭蛋白质相互作用、蛋白质-DNA和遗传交互作用的分析。各种物种（包括人类）的这方面的实验数据都在迅速增加。通过Cytoscape，用户可以在可视化的环境下将这些生物网络跟基因表达、基因型等各种分子状态信息整合在一起，还能将这些网络跟功能注释数据库链接在一起。
Cytoscape的核心是网络（图），其中的节点（node）是基因、蛋白质或分子，其中的连接则是这些生物结构之间的相互作用。Cytoscape 是开放源码的软件，任何人都可依自己的需求作修改，或是 Plug-in 后，修改成自己想要的形式，若有厉害的程序开发高手，亦可快速建构出新的功能。
Cytoscape 安装
- 第一步 安装Java程序
如果你的计算机没有安装 java，请下载 Java 8，必须是Java 8 (Oracle官方网站选择合适的32或64bit版本)。
- 第二步 安装Cytoscape软件
Cytocape从http://cytoscape.org 网站上下载，无论Linux和Windows都可以简单安装。但是Linux如果没有图形用户界面，Cytoscape启动有问题，目前还没有解决方案。
Cytoscape 使用
Cytoscape 的界面与功能
主界面
主窗口有以下几个成分组成：
- 菜单栏在顶部（下面有其它菜单的详细信息）
- 工具栏，包括普通功能的图标。这些功能可通过菜单找到
- 网络处理面板（顶部左边板块），它包含可选择整个网络的窗口（底部左边）
- 网络主视图窗口，展示网络
- 属性浏览板块（底部板块），展示选择的点或边的属性和能够修改属性值。
菜单栏
- File 菜单
- Edit 菜单
- View 菜单
- Select 菜单
- Layout 菜单
工具栏
主要是菜单栏 file 菜单的快捷键，从左至右功能依次是 打开；保存 | 从本地导入网络；从数据库导入网络；导入表格 | 导出网络；导出表格；导出图片 (图片选pdf格式，便于后期编辑)
主要是网络主视图窗口的可视化操作，从左至右功能依次是 ；放大；缩小；适合屏幕；选中部分适合屏幕 | 恢复网络至初始状态 | 选中部分形成子网络；选中点的相关点；隐藏选中部分；显示隐藏部分
网络处理面板
- network
network 面板包括所有创建的网络，可以选择相应的网络进行操作
- style 属性
- style - node
style 中的 node 面板是针对网络中点的属性操作，主要包括：点的形状、颜色、大小；点边界线的类型、颜色、宽度；点标签的颜色、大小；点背景色的透明度等等。
2.style - edge
style 中的 edge 面板是针对网络中边的属性操作，主要包括：边的类型、颜色、宽度；连接源、目标处箭头类型等等。
3.style -network
style 中的 network 面板是针对网络整体属性进行的操作。
- select
Select 面板用于筛选符合特定标准的edge。
