生信技能树
函数和R包
R包介绍（R packages）
- R包是什么？
是多个函数打包存放，包含函数、数据、帮助文档、描述文件等。
- 为什么装R包？
相应包可以实现特定分析功能！
- 学一个R包要多久？伪命题
【小洁老师语录】目的不是学会某个具体的R包，而是找所有R包使用的规律
- R包在哪里？
官方网站CRAN网站-安装方式install.packages("包名")
生物R包网站Bioconductor-安装方式BiocManager::install("包名")
Github-安装方式devtools::install_github("作者用户名/包名")
- 不知道R包在哪里怎么办？
试安装命令
搜索引擎查R包关键词查找存放位置，然后用特定命令安装。
加载R包-library("R包")命令没有报错代表安装成功
library()和require()命令都可以加载R包。librar()和require()里加不加引号？不需要加引号
每次打开新的session，都需要重新加载R包
小洁老师语录密集轰炸来袭
【小洁老师语录】系统学习可以让你少问千万个问题 【小洁老师语录】能不能、行不行、二选一、两者区别等问题的统一解决办法：试一试、搜一搜、问问ChatGPT
- kimichat（月之暗面）：可以给它一篇文献，他可以读文献
- 虫部落快搜（网站集成）
- 猫狸盘搜/云盘搜索（涵盖很多网盘）：搜索资源
- bioinfoark：生物领域大模型
【小洁老师语录】高手是解决问题练出来的
- 怎么实现快速下载？
使用国内镜像-推荐清华或中科大镜像-设置镜像即可-网址在day4的R脚本
- tools - global option -packages -primary CRAN repository中设置镜像，选择中科大或清华
- 代码设置-day4的R脚本中
清华镜像
CRAN清华镜像
bioconductor清华镜像
中科大镜像
CRAN中科大镜像
bioconductor中科大镜像
R包安装和使用逻辑
- 安装-加载-使用包里的函数
- 已经安装的包可以用::快速调用包里的函数 比如：
pheatmap::pheatmap(volcano)和library(pheatmap) pheatmap(volcano)效果类似
如果后续长时间使用某个包，使用library()加载R包，如果只用一次，可以使用pheatmap::pheatmap(volcano)。
if(!require(stringr))install.packages("stringr")#使用该代码，如果没有该包则安装。
as.logical(require(limma))#返回逻辑值
if(TRUE),后边代码被执行；if(FALSE),后边代码被跳过。
【小洁老师语录】R包安装成功的唯一标准：library()没有error，除了error其他都是浮云
- 安装包练习：
if(!require(data.table))install.packages("data.table")
if(!require(rio))install.packages("rio")
if(!require(tibble))install.packages("tibble")
if(!require(ggplot2))install.packages("ggplot2")
if(!require(ggpubr))install.packages("ggpubr")
if(!require(eoffice))install.packages("eoffice")
if(!require(patchwork))install.packages("patchwork")
if(!require(tidyr))install.packages("tidyr")
if(!require(dplyr))install.packages("dplyr")
if(!require(stringr))install.packages("stringr")
if(!require(qlcMatrix))devtools::install_github("cysouw/qlcMatrix")- 安装过时包方法：
ad = "https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/qlcMatrix/qlcMatrix_0.9.7.tar.gz"
if(!require(qlcMatrix))install.packages(ad,repos = NULL)疑问
package not available
- 包名写错
- 命令行错误
- 可能R语言版本不适配（极少）
- 包过时被剔除
【小洁老师语录】R语言版本99%情况下没有问题，但它总被无辜怀疑
是否更新包
能不更新就不更新，除非一直报错 安装命令加updata = F,ask = F两个参数就不会有询问命令行。
【小洁老师语录】学R语言要高冷，能no就no，no不行再yes；学Linux要听话，让你yes就yes
加载a包，报错b包不存在（a和b依赖包关系）
先装b包，再装a包
小规律：安装和加载过程中报错信息，注意看引号，引号里大多是依赖包的名字。
更新包：取消加载 > 卸载 > 重启session > 安装
关键词connection，internet，url，404，http，download等：网络限制-网络、镜像等
win电脑not waitable/permission denied：管理员方式打开Rstudio，重新运行。
win电脑中文用户名：修改环境变量
【小洁老师语录】大胆假设，小心求证，试错几乎没有成本 【小洁老师语录】一定要有验证、检查意识和能力
R包如何使用-查看帮助文档
代码语言：r复制test <- read.csv("exercise2.csv")
#我的答案(错误)
test[test$Species == c('a','c'),]#发生循环补齐，一对一比较,导致缺失
#正确答案
test[test$Species == 'a'|test$Species =='c',]#方法1
test[test$Species %in% c('a','c'),]#方法2
test[test$Species != 'b',]#方法3
## Petal.Length Petal.Width Species
## 1 4.6 1.5 a
## 3 4.5 1.5 a
## 5 4.0 1.3 a
## 6 4.7 1.4 a
## 7 1.3 0.2 c
## 8 1.4 0.2 c
## 11 4.9 1.5 a
## 12 1.4 0.2 c
## 13 1.5 0.2 c
## 15 1.4 0.2 cR包使用场景
- 某些流程使用某些包
- 学绘图，用到ggplot2
- 别人代买自己数据套，报错不会改
- 大多数包规律一致，不需要单独学习，用哪个函数学习哪个函数
- 少部分包有自学语法，比如ggplot2，dplyr等
R包如何使用
- 查看帮助文档
- 搜索引擎搜R包介绍页面
ls("package:包名")该命令可以列出R包里的函数或数据
R语言里的符号
()前是函数
[]前是向量数据框或矩阵取子集
[[]]列表取子集
$数据框取子集，列表取子集
<-赋值
= 赋值，或连接形式参数和实际参数
==判断是否相等
!否定
{}多行代码
举例认清函数和数据
ggstatsplot是一个功能强大的作图R包，这里使用ggbetweenstats和ggbarstat函数举例做图。通过安装ggstatsplot包然后使用帮助文档学习怎么使用R包。
代码语言：r复制if(!require(ggstatsplot))install.packages("ggstatsplot")
library(ggstatsplot)#尝试装ggstatsplot的包，学习使用它
colnames(iris)
ggbetweenstats(iris,x = "Species",y = "Sepal.Length")
y
ggstatsplot包里的ggbetweenstats函数作图?ggbarstats#查看帮助文档
##ggbarstats的示例数据
# for reproducibility
set.seed(123)
# creating a plot
p <- ggbarstats(mtcars, x = vs, y = cyl)
# looking at the plot
p
# extracting details from statistical tests
extract_stats(p)
使用ggstatplot函数中的ggbarstats函数作图，数据源于示例文档解决问题的思维
另外
代码语言：r复制source("04_other.R")#不打开脚本，全选运行！代码用的比较多的时候可单独放脚本，快速搬运运行！生信技能树公众号
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