岩酱的生信学习DAY 3( Minicoda安装）

Minicoda下载安装

Minicoda 相当于APP store，是软件下载器。

Minicoda下载步骤

1.百度/谷歌搜索“miniconda 清华” https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/

2.找到Linux 64-bit最新版本，右键复制下载链接

代码语言：Linux复制

cd ~/biosoft
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

鼠标进行复制粘贴操作

3.安装Minicoda

代码语言：Linux复制

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

按Q跳过安装步骤，跳不过就回答YES回车

4.激活Minicoda

代码语言：Linux复制

source ~/.bashrc

输入来激活Minicoda, 命令行输入conda，如果出现满屏信息说明激活成功

5.添加镜像

所谓镜像网站，相当于主网站的副本，conda在国外，我们在国内下载软件速度会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速度。

代码语言：Linux复制

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

Minicoda软件安装练习

1.查看当前服务器上安装的所有软件列表

代码语言：Linux复制

conda list

2 安装软件fastaqc

代码语言：Linux复制

conda install fastqc -y

-y意思是yes，当在安装过程中遇到所有情况都默认YES

3.确认是否安装成功

代码语言：Linux复制

fastaqc --help

出现大段文字说明安装成功

Conda 环境

为避免不同项目出现不同软件版本的冲突，通过设置不同的环境来进行不同的项目处理。

代码语言：Linux复制

conda info --envs #查看当前conda环境

1.创建新的环境

代码语言：Linux复制

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

创建名为rna-seq的环境，指定版本为python，安装fastqc trimmomatic 软件

2.查看新创建环境，并激活

代码语言：Linux复制

conda info --envs
conda activate rna-seq

默认*会转移到rna-seq前面

3.退出当前环境

代码语言：Linux复制

conda deactivate

学习笔记

0 人点赞