一、下载
代码语言:cpp复制https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
复制最新版本链接(64位)
登录linux服务器
代码语言:cpp复制cd ~/biosoft
代码语言:cpp复制wget 链接
二、安装
代码语言:cpp复制bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
安装成功可见:
Thank you for installing Miniconda3!
三、激活
代码语言:cpp复制source ~/.bashrc
验证激活:
代码语言:cpp复制conda
输出信息则证明激活成果
若激活失败,删除目录,从 二、安装 步骤开始重新进行
四、添加镜像网站
代码语言:cpp复制conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
五、使用
1. 查看当前服务器上安装的所有软件列表
代码语言:cpp复制conda list
2、安装fastqc软件
代码语言:cpp复制conda install fastqc -y
安装指定版本
代码语言:cpp复制conda install fastqc=0.11.7 -y
验证fastqc软件是否安装成功
代码语言:cpp复制fastqc --help
输出内容,则安装成功
3、conda environment
查看:
代码语言:cpp复制conda info --envs
建立新环境
代码语言:cpp复制conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
激活新环境
代码语言:cpp复制conda activate rna-seq
验证新环境
代码语言:cpp复制fastqc
输出信息,则证明已激活
注意:
1、左键复制,右键粘贴(windows)
2、Tab可用于补齐
3、q ——quit 跳过
4、在代码后加 -y 可用于回答运行中所有的yes or no,提高效率