day5-linux环境下的软件安装

2024-05-12 21:05:18 浏览数 (2)

在https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/

中找到最新的 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh

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cd biosoft

先进入biosoft文件夹

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wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh

下载Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh

bash Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh

看到“Thank you for installing Miniconda3 !”说明安装成功

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source ~/.bashrc #激活conda的代码,注意空格
conda #出现满屏的信息说明成功了

# 使用北外的镜像

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conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

配置镜像

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conda list

查看所有的软件

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conda install fastqc -y 

安装软件

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fastqc --help  ###帮助文档

参考生信星球学习小组第169期 (umu.cn)

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