11 使用R语言获取人类所有基因的名字,ID,symbol以及别名
倒是没想到18年的时候还要纠结基因名转换的问题
不过这个内容现在已经被生信马拉松最新分享的代码替代了
12 R语言读书笔记以及为什么发读书笔记
“ 我再次强调一下,我会的所有知识,我都看过5本以上的书,甚至把一本书看五遍,这个我觉得没有任何难道,任何事情想学会学好,本来需要付出的。 ”
“ 反正如果你真想学到东西,还是得买本书仔细阅读的。 ”
“ 假如你接受了我的建议,把一本书看五遍,同一个领域的书籍至少看5本,那么希望你也记录一下读书笔记与我分享,欢迎来信交流,我的邮箱是 jmzeng1314@163.com ”
太神奇了,竟然还有这样的内容
正文是R语言的基础内容
13 强行解锁R语言入门新姿势
这一篇分享了《R数据科学》(特别是英文版的链接),另外开启了一个本书的学习小组(没想到当时还有这样的活动,现在基本上是直接教其中精华的活动)
14 一文掌握SVM用法(基于R语言)
支持向量机的代码(包括基本的二分类变量,拓展的多分类变量 预测连续变量)
“ 共有9 种核函数,常用的为其中的前四个:linear,Polynomial,RBF,Sigmoid 其中 RBF 适用于因变量比较少,而 linear适用于因变量非常多,也就是本例子里面的基因非常多 ”
比较有趣的是一条评论的内容,来自王晓哲:linear kernel只能给出线性决策边界,对复杂问题拟合能力较差;对原始问题没有前提假设的情况下用rbf kernel可以拟合任意形状的决策边界,就是训练非常慢……
15 R语言学习入门导航-特别版
这篇是R语言学习的导航内容
文末给出了一些R语言的练习题(要求很高呢,至今就在第一步?)
练习(编程题)
比较R语言中apply, sapply, lapply等函数的异同;比较paste和sprintf的异同;以及其他你觉得可以比较的函数。并用R markdown展示他们的区别(可能需要你花一点时间学习Markdown以及R markdown)。
什么是正则表达式?R里面有哪些函数和第三方包(没有数量限制)可以使用正则表达式。
完成你的第一个R包(建议你先阅读与构建R包相关的资料,比如《R packages》这本书),并使用Git进行版本管理,同时上传至GitHub仓库(可能需要一些时间同时学习它)。如果你觉得你构建的R包非常有用,可以尝试提交并分享至CRAN。
完成你的第一个Shiny应用。
使用blogdown构建你的第一个博客应用。
使用xaringan构建你的第一个Web PPT。
使用bookdown构建你的第一本书。
16 芯片的探针ID找到基因名-基于R语言-一文就够
这一篇分享了芯片的注释包,不过现在有小洁老师的tinyarray了,也不用这么麻烦
17 R语言练习题10道,有答案代码,还有视频
很基本的一些题目,真正的入门R语言生信分析题目,值得做
18 使用methods函数来查看R语言里面的对象的操作方式
介绍了一个methods函数,不过好像现在没有什么实际用处
19 生信人应该这样学R语言系列视频学习心得笔记分享
12年底分析的R语言生信马拉松笔记,对所有内容提了一个详细的大纲
最后还有一些基因在TCGA数据库表达情况和生存分析的代码分享
20 生信工程师全套教学视频之R语言专辑纪念版
习题 | 链接 |
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初级 | http://www.bio-info-trainee.com/3793.html |
中级 | http://www.bio-info-trainee.com/3750.html |
高级 | http://www.bio-info-trainee.com/3415.html |
非常入门的题目,高级版也是入门版
生信技能树