QIIME 2 2024.5 更新来啦

2024-06-18 14:11:32 浏览数 (2)

小编划重点：发布节奏改为每年两次！Python 3.9，去污染和分类器训练的更新，各版本的预训练的分类器下载更加方便。

本版本之后，qiime2将过渡到每年两次的发布计划，分别在 4 月和 10 月的第一个星期三发布。因此，我们计划的下一个 QIIME 2 版本定于 10 月 2 日 （QIIME 2 2024.10）。

在两个版本之间，可以通过我们的每周版本访问和安装QIIME 2的最新开发版本。

您可以在以下位置找到有关如何安装这些版本的信息。设置开发环境[1]使用 QIIME 2 进行开发中的文档

重要提示：QIIME 2 2024.5 中的接口更改

在 2024.5 版本中，以下界面更改已生效：

  • 截至此版本支持的 Python 版本是 Python 3.9。在大多数情况下，这不会影响用户，但与以前版本的QIIME 2一起使用的分类器将不适用于QIIME 2 2024.5。可以在新的QIIME 2 资源页面[2]。这是 scikit-learn 依赖项版本更改的结果。
  • q2-quality-control 中decontam-remove现在需要额外的参数并生成额外的输出。这集成了从输入FeatureData[Sequence]工件中过滤污染物序列，以及从输入FeatureTable中过滤其条目。允许此界面更改而没有事先警告，因为它是相对较新的功能，因此尚未广泛使用，它是一种功能添加（而不是功能减法），最好的替代方案是在下一个版本中涉及多个界面更改。
  • q2-feature-classifier的classify-sklearn操作不再支持传递小于可能总数的 n 个内核/进程参数--p-n-jobs。这是上一个版本引入的错误，因此当时没有发出任何更改警告。

以下是此次发布的亮点：

QIIME 2 VIEW更新[3]

@Oddant1[4]完全重写了QIIME 2 View，使我们能够更快地整合更改和改进！

一些新功能包括：

  • 动态可视化库。您是否为QIIME 2插件开发了一个很酷的新可视化，您认为其他人应该看到？将其添加到图库中！
  • 改进了对数据来源中引用的查看（尽管这仍在进行中。
  • 在选项卡之间切换将不再重置其他选项卡的状态。如果您将可视化设置为看起来完全符合您的要求，然后在返回时单击到另一个选项卡，则可视化效果仍将保持原样。
  • “详细信息”页面上的引文现在具有多个不同引文样式的选项。

分发更新[5]

  • Docker 映像现在可用于我们所有支持的发行版！
    • tiny，amplicon和metagenome 发行版的 docker 镜像已经构建好，可供使用！

框架更新[6]

  • 修复了导致复合语义类型TypeMap不允许子类型具有属性的问题
  • 添加Collection[Visualization] 为有效的输出类型 - 这是新的QIIME 2社区插件q2-boots(microbiome rarefaction analysis)[7]所必需的：

看起来这个插件的图标很AI化呢！

接口更新

sphinx-ext-qiime2[8]

  • 添加了 R 使用驱动程序

q2cli[9]

  • 更新了工件缓存键以接受kebab案例

q2dataflow[10]

  • q2dataflow 中集成了 CWL 支持，并添加了对 WDL 和 CWL 的集合支持

q2-galaxy[11]

  • 重构了我们的Galaxy Tools实现，改进了错误处理

插件更新

Q2-组成[12]

  • 修复了 ANCOM-BC 中的bug，导致具有指数格式（即 12e6）的样本 ID 失败。Q2-多样性[13]
  • 添加了改进的alpha-group-significance 错误处理，以描述保留的样本太少
  • 添加了FeatureData[AlphaDiversity] 过滤操作
  • 修复了beta-correlation元数据和距离矩阵轴被错误标记的问题

q2-diversity-lib[14]

  • 硬编码的 scikit-bio α 多样性指标，以便在不满足指标假设的情况下产生超过 0 的 NaN。在我们与 scikit-bio 就如何处理这种情况进行沟通时，这是一种临时解决方法

q2-特征表[15]

  • 修复了summarize每个样本计数选项卡中的样本 ID 被替换为数字索引的问题
  • 重构以确保一致的表格式，并改进了代码以供将来开发summarize

q2-metadata[16]

  • 为元数据合并方法添加了更详细的错误处理

Q2-质量控制 1[17]

  • 添加了功能decontam-remove，允许用户从从 Q2-DADA2 创建的代表性序列对象中删除污染物识别序列
  • 添加了decontam-score-viz各种新功能，包括更新的外观、带有相关序列的可排序 decontam 评分表，以及可下载的污染物和非污染物特征的 fasta 文件

q2-stats[18]

  • 重构了GroupDist to Dist1D和Dist1D增加了NestedOrdered的NestedUnordered

q2-taxa[19]

  • 添加FeatureTable[PresenceAbsence]为taxa filter-table可接受的输入

q2-types[20]

  • 将类型/格式/转换器从 Q2-demux 迁移到 Q2-Types，以便进行更通用的访问
  • 修复了一个错误，即在环境中进行开发后不再识别类型
  • 修复了bowtie和contig中的一些循环导入
  • 添加了一个新类型FeatureData[Contig]
  • sample_dict添加了方法MultiFASTADirectoryFormat
  • 添加了两个** Eggnog 注释转换器**。Eggnog 注解现在可以转换为metadata 和pd.Dataframe
  • 调整了基因组数据语义类型的正则表达式：GenomeData[Loci]、GenomeData[Genes] 和GenomeData[Proteins]
  • 添加了新的语义类型FeatureData[SingleBowtie2Index]和FeatureData[AlignmentMap]
  • 添加了一个新类型FeatureData[SequenceCharacteristics]和 一个新的语义验证器FeatureData[SequenceCharacteristics % Properties("length")]
  • 添加了一个转换器BIOMV210Format，从该转换器中可以导入DNAFASTAFormat其观测值（特征）及其序列注释FeatureData[Sequence] 的 biom 表

文档更新

  • 更新了使用 QIIME 2 进行开发的文档。
  • 重构了“数据资源”页。自 2024.5 起，预训练的分类器现在可在https://resources.qiime2.org[21].这样可以将这些链接与文档分离，并且可以在版本之间更轻松地更新这些链接（例如，我们不必重新构建文档来共享新的分类器）。
  • 添加了有关社区对QIIME 2的贡献的更清晰的文档
  • 更新了癌症-微生物组-教程[22]来说明如何将QIIME 2与R一起使用。

QIIME 2 库 2[23]

  • 对主页和“关于”页面进行了更新，以反映我们当前的图书馆计划，并阐明我们对社区插件及其可用性的保证

参考资料

[1]

设置开发环境: https://develop.qiime2.org/en/latest/plugins/how-to-guides/set-up-development-environment.html#setup-dev-environment

[2]

QIIME 2 资源页面: https://resources.qiime2.org/

[3]

QIIME 2 VIEW更新: https://view.qiime2.org/

[4]

@Oddant1: https://forum.qiime2.org/u/oddant1

[5]

分发更新: https://github.com/qiime2/distributions

[6]

框架更新: https://github.com/qiime2/qiime2

[7]

Visualization]` 为有效的输出类型 - 这是新的QIIME 2社区插件[q2-boots(microbiome rarefaction analysis): https://github.com/caporaso-lab/q2-boots

[8]

sphinx-ext-qiime2: https://github.com/qiime2/sphinx-ext-qiime2

[9]

q2cli: https://github.com/qiime2/q2cli

[10]

q2dataflow: https://github.com/qiime2/q2dataflow

[11]

q2-galaxy: https://github.com/qiime2/galaxy-tools

[12]

Q2-组成: https://github.com/qiime2/q2-composition

[13]

Q2-多样性: https://github.com/qiime2/q2-diversity

[14]

q2-diversity-lib: https://github.com/qiime2/q2-diversity-lib

[15]

q2-特征表: https://github.com/qiime2/q2-feature-table

[16]

q2-metadata: https://github.com/qiime2/q2-metadata

[17]

Q2-质量控制 1: https://github.com/qiime2/q2-quality-control

[18]

q2-stats: https://github.com/qiime2/q2-stats

[19]

q2-taxa: https://github.com/qiime2/q2-taxa

[20]

q2-types: https://github.com/qiime2/q2-types

[21]

https://resources.qiime2.org: https://resources.qiime2.org/

[22]

癌症-微生物组-教程: https://github.com/qiime2/cancer-microbiome-intervention-tutorial

[23]

QIIME 2 库 2: https://github.com/qiime2/library

可视化 数据 重构 插件 开发

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