一、才GEO数据库下载10X Genomics数据，以单个样本为例
搜索GEO官网，输入GSE编号直接下载单个样本的10X Genomics数据
- barcodes.tsv.gz：包含每个细胞的条形码信息。
- features.tsv.gz：包含基因或特征的信息。
- matrix.mtx.gz：包含稀疏计数矩阵，记录了每个细胞中每个基因的表达计数。
GEO网页二、用R语言的Seurat包读入数据，并创建Seurat对象
参考教程：单细胞实战(1)数据下载-数据读取-seurat对象创建-腾讯云开发者社区-腾讯云 (tencent.com)
重点介绍我加载Seurat包的报错，以及最后怎么解决的
install.packages("Seurat")
library(Seurat)
报错了：Error: package or namespace load failed for ‘Seurat’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]): 载入了名字空间‘Matrix’ 1.5-3，但需要的是>= 1.6.1
表明 Seurat 包需要比当前安装的 Matrix 包版本更高的版本
尝试先卸载再重新安装：
代码语言：javascript复制remove.packages("Matrix")
install.packages("Matrix")安装完成后，再次尝试加载 Seurat 包：
代码语言：javascript复制library(Seurat)仍然报错？？？
Error: package or namespace load failed for ‘Seurat’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]): 载入了名字空间‘Matrix’ 1.5-3，但需要的是>= 1.6.1
最后发现，Matrix没有删除干净，之前下载过其他版本R包，仍有Matrix
移除旧版本的包： remove.packages('Matrix')
remove.packages('SeuratObject')
remove.packages('Seurat')
确保包已被卸载： if ("Matrix" %in% installed.packages()) {stop("Matrix package was not successfully removed.") }
if ("SeuratObject" %in% installed.packages()) { stop("SeuratObject package was not successfully removed.") }
if ("Seurat" %in% installed.packages()) { stop("Seurat package was not successfully removed.") }
输出发现：Error: Matrix package was not successfully removed.
确认当前安装的 Matrix 包的位置： find.package("Matrix")
手动删除 Matrix 包文件夹： 根据上一步找到的路径，手动删除该目录下的Matrix 包 文件夹。
重启R会话
if ("Matrix" %in% installed.packages()) {
stop("Matrix package was not successfully removed.")
} else {
message("Matrix package has been successfully removed.")
}
输出：Matrix package has been successfully removed
重新安装 Matrix 包：官网下载需要的Matrix包的版本：Index of /src/contrib/Archive/Matrix (r-project.org)
下载后放在Rpackages常用目录下
install.packages("D:/packages/Matrix_1.6-1.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
查看 Matrix 包版本
packageVersion("Matrix") # 应返回‘1.6-1’
最后安装 Seurat 包
install.packages("Seurat")
library(Seurat)
注如果安装 Seurat 包还有问题
手动下载：https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/SeuratObject/SeuratObject_4.1.4.tar.gz
https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/Seurat/Seurat_4.4.0.tar.gz
下载后放在Rpackages常用目录下
安装 Seurat 包
install.packages("D:/packages/SeuratObject_4.1.4.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
install.packages("D:/packages/Seurat_4.4.0.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
library(Seurat)
