单细胞数据的二次分群
Seurat里的FindClusters函数设置的resolution数值越大,分群的数量就越多,但是当单细胞数量太多的时候,会遇到resolution再变大,分群的数量也不再增加的情况。一次分群分不开,但又想要细分时,就会需要二次分群,其实就是细胞亚群的分析。
用my_sub提取自己感兴趣的细胞亚群,然后对提取感兴趣的亚群的细胞组成的Seurat对象,后面就是标准流程和可视化了,没有任何区别。
单细胞细胞周期去除
如果读过一些单细胞的文献,应该会经常看到一群名为"cycling cell"的亚群,T细胞、B细胞、上皮细胞等等在分亚群的时候,都可能碰到。实际上,这群细胞只是因为高表达一些与细胞周期相关的基因,才会被单独聚成一群,里面可能包含多种细胞亚群的混合,只要它们处于细胞周期/增殖状态。
当这群细胞占比很少时,可以不做处理;占比较大,或者处于不同细胞周期时间点(G1, S, G2, M)的细胞相互分开,这时就需要消除细胞周期的影响,留下有意义的生物学差异。