Linux基础
Linux系统简介
退出服务器：exit
文件结构：Linux中一切皆文件
/：根目录
/home/：用户家目录
. 当前目录
.. 上级目录
~ 家目录：每个用户的家目录都不同
/ 当“/”在最前面时才代表根目录，其他位置均为目录层级分隔符
命令格式
命令 参数 文件
command -options [parameter]
command：命令名，相应的单词或缩写
[]：代表有时可省略
-options：选项，用来对命令进行控制，也可省略 #两种格式：-h, --help
parameter：传给命令的参数，可以是零个、一个或多个
FILE要处理的文件
示例：
tar -zxvf Data.tar.gz
文件夹与文件管理命令
pwd ##print working directory 打印工作目录
ls ##list 列出
ls ## 列出当前目录的文件 ##list
ls -a ##列出全部文件，包括隐藏文件 ##all
ls -l ##列出目录的详细信息 ##long
ls -h ##将目录容量转换为人类易读的方式（KB，GB等） ##human
ls -S ##按文件大小排序 ##Size
ls -t ##按时间排序 ##time
ls -r ##倒序排序 ##reverse
ll ## ls -laF的简写 ll -thr
l ## ls -CF
la ## ls -A
ls ./ ## 同上，‘.’号代表当前目录
ls ./*txt ## 列出当前目录下以 txt 结尾的文件
ls ../ ## 列出上层目录的文件
ll ## ls -la 的简写
ls -lh / ## 列出根目录下文件的详细信息
cd ##change directory 切换目录
cd .. ## 切换到上层目录，相对路径
cd / ## 切换到根目录
cd /teach/ ## 切换到根目录下的teach，绝对路径
cd - ## 返回上一次的工作目录
cd ~ ## 回到用户家目录
cd ## 同上，回到用户家目录
mkdir ##make directory 创建一个新的目录(ies)
常见参数：mkdir -p FILE ##递归创建目录
touch ##创建文件
常见用法：touch FILE ##创建一个空文件
touch file{1..5} ##创建file1, file2, ..., file5
mv ##move 移动和重命名
常见用法：
mv 待移动文件 移动至目录
mv 待重命名文件 新文件名 ##目标文件夹不存在则为重命名
##文件-->文件 若新文件名已存在，将覆盖原本以该名命名的文件
rm ##remove 删除
常见参数：
-f ##force强制不显示警告信息
-i ##在删除前询问用户
-r ##递归删除文件夹
删库跑路命令 rm -rf /
cp ##copy and paste 拷贝粘贴
常见参数：-r ##copy directories recursively
常见用法：cp OPTION SOURCE DIRECTORY
tar ##tape archive 压缩或者解压文件
常见参数：
-c ##创建一个新的tar归档文件（创建压缩文件）
-x ##从已有tar归档文件中提取文件
-f ##输出结果到文件或设备
-v ##在处理文件时显示文件（显示处理进度）
-j ##将输出重定向给bzip2命令
-z ##将输出重定向给gzip命令
常见用法：
解压缩：tar 参数##-f必须在文件名前
tar -zxvf 待解压包
压缩：tar 参数 <压缩后文件名> 待压缩文件/目录
ln ##link 链接文件##分为软链接（常用）和硬链接（默认）
常见参数：不加参数即为硬链接
-s：软链接 ##类似快捷方式
常见用法：ln -s TARGET DIRECTORY
正则表达式
- 匹配任意多个字符（0到正无穷） ? 匹配任意单个字符
文件属性
drwxr-xr-x
（文件类型1）（所有者权限3）（同组人权限3）（其他人权限3）
文件类型：
d：代表目录
l：代表链接文件
-：代表普通文件
r：4 可读；w：2 可写；x：1 可执行
快捷键
TAB：补全
Ctrl U：剪切光标位置到行首的字符
Ctrl C：终止任务
Ctrl L：清屏
Ctrl E：回到行尾
Ctrl A：回到行首
Ctrl W：剪切一个单词
Ctrl Y：粘贴命令行剪切的内容
Ctrl Z：暂停任务
Ctrl K：剪切光标位置到行尾的字符
文本查看
cat：Concatnate ##查看文本文件内容，打印到屏幕
常见参数：
-A ##打印所有内容，包括特殊字符，如制表符
-n ##打印出所有行号；-b ##仅打印非空白行行号
常见用法：
cat > file ##>：重定向，创建新的文件file并写入内容，Ctrl C终止，会覆盖原有同名文件 cat >> file ##>>：追加，在文件file后追加写入内容，Ctrl C终止
其它：
zcat：可以查看压缩的文本文件
tac：逆向查看
head/tail
常用参数：
-n ##查看文件的前后n行，默认10行
用法：
cat <FILE> | head -n ## “|”：管道符
more/less
more：逐页查看，按空格翻页，按回车换行，按q退出
less：方向键查看文本内容；Enter向下移动一行；空格键翻页，按q退出
常用参数：
-N ##显示行号
-S ##单行显示
用法：
/keyword：查询关键词，N/n上下浏览关键词
zless：查看压缩文件
G/g：快速到文本结尾/开头
文本统计
wc：统计文本
常见参数：
-l ##统计行数
-w ##统计字符串数
-c ##统计字节数
##不加参数时三者都会出现
制表符等不可见字符依然计算字节数
cut：文本切割
常见参数：
-d：指定分隔符，默认t；
-f：输出哪几列（fields）
用法：
less -SN <FILE> | cut -f 1,3-5,7-
less -SN <FILE> | cut -d 'h' -f 1
sort： 排序
常见参数：
-n：从小到大进行排序
-V：字符串中含有数值时，按数值升序排序
-r：逆向排序
-k：按指定的某列排序
-t：指定分隔符
uniq：去除重复行
##只能去除相邻的重复行，记得和sort联用
常见参数：
-c：统计每个字符串连续出现的次数
paste：文本合并 ##只能做简单合并，默认按列合并
常见参数：
-d：指定分隔符
-s：按行合并 ##先转置后上下连接
常见用法：
paste file1 file2 ##cat file1 file2只能上下连接，paste则能左右合并，字符串中间以tab隔开
paste -d '@' file1 file2 ##以@取代tab进行合并
seq 20 | paste - - - - ##按顺序生成数列1-20，并按四列排序
tr：字符替换
常见用法：
tr '<pre>' '<dest>'
例如：
tr 'a-z' 'A-Z' ##将全部小写替换为大写
常见参数：
-d：删除指定字符 ##t：tab；n：回车 ##要加引号！
-s：缩减连续重复字符
计算（求和）
echo '1 1' | bc
验证文件
md5sum file > file.md5
当file和file.md5在同一个文件夹下
键入 md5sum -c file.md5即可验证
vim编辑器
vim FILENAME #进入命令模式
i-insert #进入编辑模式，ESC退出
: #进入末行模式，ESC退出
#末行模式下 wq - write & quit关闭文件
命令模式
移动：方向键或hjkl
行开头：^/0；行末尾：$
30j:向下移动30行（数字＋方向键）
Ctrl f/b：：上/下翻页
gg：文档第一行的第一个字符
G：快速到文档底部（或[]）
快捷键：
x：剪切单个字符
10x：连续剪切10个字符（以行为单位，不足则停止）
dd：剪切所在行
10dd：剪切所在行及向下共10行
yy：复制光标所在行
10yy：复制所在行及向下共10行
p/P：在当前行的下面/上面粘贴内容
u：复原前一个操作（可连续撤销）
Ctrl r：重做上一个动作
命令模式
按i进入：从光标开始
按o进入：从当前行最后一个字符后开始
末行模式
命令模式下输入:进入
该模式下可以进行设置、查询、替换、保存、退出
:wq #保存并推出
:q #直接退出 #若发生修改则无法如此退出
:q! #不保存并退出
查询：
输入/KEYWORD #只显示关键词的第一个字符
n向下查找，N向上查找
替换：
:%s/原字符/新字符/g #全局替换
:s///g #替换光标所在行
:%s/// #替换每一行出现的第一次
:s/// #只替换光标所在行的第一次
set系列命令
:set nu #显示行号
:set nonu #取消显示行号
:set list #显示不可见字符（分辨制表符与空格）
:set nowrap #单行显示
:set ff=unix #将文件格式转换为unix格式
回车
不同系统对于回车键的设置不同：
Windows：rn ##dos
Mac：r ##mac
Linux：n ##unix
转换方法：
- Vim :set ff=unix
- dos2unix #无需进入vim dos2unix <file>
vim出现异常情况
使用vim编辑文件后会生成<filename>.swp
当多处编辑或异常断开时会有待处理的.swp文件
如果修改不重要可直接删除.swp文件
vim编辑器
vimtutor_zh_CN：查看帮助文档
引用自生信技能树
