R语言画图——生信技能书

base ggplot2(以这个为主） ggpubr

拼图：

par里的mfrow

grid.arrage

cowplot:被最后一个取代

customlayout

patchwork：推荐使用

导出：

经典三段论
ggsave（属于ggplot2）
eoffice—topptx

基础包：绘图函数

代码语言：txt复制

plot(iris[,1],iris[,3],col = iris[,5]) #设置横坐标，纵坐标，颜色
text(6.5,4, labels = 'hello')#添加文字

高级包：

ggplot2 中坚力量，语法有个性

代码语言：txt复制

library(ggplot2)
ggplot(data = iris) 
  geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length,
                           y = Petal.Length,
                           color = Species))

ggplot2的语法：

1.入门级绘图模板：
library(ggplot2)

ggplot(data = iris)

geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length,

y = Petal.Length,

color = Species))

加粗部分是可以改变的地方；iris是数据来源，x和y为行和列名；列名不带引号；行末写加号代表是一个整体的代码

2.属性的设置：
- 手动设置
  - 颜色 color
  - 大小：size
  - 形状：shape
  - 透明度
  - 填充颜色
- 映射：按照数据框的某一列来定义图的某个属性
  - color = Species（默认，按照这一列设置颜色）
  - 可以改变颜色：注意scale_color_manual和color是一起出现的！否则无效
  - 真正的颜色：颜色编码来代替；十六进制颜色编码：搜索引擎进行搜索
  - Q2：color和fill两个属性
    - 空心和实心得形状都用color设置颜色
    - fill：既有边框又有内心的，才需要color和fill两个参数
3.分面：
- 根据species放在同一种图里面；竖着切
- 横着切和竖着切：先新增一列： dollar后面跟着新的列名：
  - 取值数量有限且有重复值，可以按照列分开

代码语言：txt复制

dat = iris
dat$Group = sample(letters[1:5],150,replace = T)
ggplot(data = dat)   
  geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length, y = Petal.Length))   
  facet_grid(Group ~ Species)

sample(letters[1:5],150,replace = T)
- letters[1:5]#没有赋值也能够直接使用：是R中的内置数据
- letters[1:5],3：#随机取值a b c d e中的三个
- letters[1:5],6：#代码报错了：样本数量不能大于总体的数量：replace = F；这时候改成replace = T就行了
- sample(letters[1:5],150,replace = T)
- 不要修改内置数据！！—赋值给sample
- 练习题：6.1
4.几何对象
- #局部设置和全局设置

代码语言：txt复制

ggplot(data = iris)   
  geom_smooth(mapping = aes(x = Sepal.Length, 
                          y = Petal.Length)) 
  geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length, 
                           y = Petal.Length))

这个为局部设置：仅对当前图层有效

代码语言：txt复制

ggplot(data = iris,mapping = aes(x = Sepal.Length, y = Petal.Length)) 
  geom_smooth() 
  geom_point()

这个为全局设置：对所有图层有效

5.统计变换-直方图

代码语言：txt复制

View(diamonds)
table(diamonds$cut)

代码语言：txt复制

ggplot(data = diamonds)   
  geom_bar(mapping = aes(x = cut))

ggplot(data = diamonds)   
  stat_count(mapping = aes(x = cut))

geom_bar函数：绘制柱状图；y？是默认的；
使用场景：
- 使用表中数据直接作图，而不统计

代码语言：txt复制

fre = as.data.frame(table(diamonds$cut))
fre

ggplot(data = fre)  
  geom_bar(mapping = aes(x = Var1, y = Freq), stat = "identity")

stat = "identity"：这样子才能编辑y

使用场景2：不统计count，统计比例prop

代码语言：txt复制

ggplot(data = diamonds)   
  geom_bar(mapping = aes(x = cut, y = ..prop.., group = 1))

group = 1：不用改， y = 也不需要改
6.位置关系
- 重叠—散开/错开 geom_point() 和geom_jitter()

给出的完整绘图模板；前三行是入门级别；stat是统计变换；position是位置关系，倒数第二是坐标系；最后是分面

r语言

0 人点赞