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批量安装单细胞所需的包
代码语言：javascript复制#首先是设置镜像
options("repos"="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/")
if(!require("BiocManager")) install.packages("BiocManager",update = F,ask = F)
options(BioC_mirror="https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor")
#来自cran的包放在一个向量里
cran_packages <- c('tidyverse',
'msigdbr',
'patchwork',
'SeuratObject',
'Seurat',
'ggalluvial',
'ggpubr','pheatmap',
'NMF','ggsci','survminer',
'harmony','tinyarray'
)
#来自bioconductor的包放在一个向量里
Biocductor_packages <- c('sva','monocle',
'GOplot','GSEABase',
'GSVA','plotmo','monocle',
'regplot','scRNAseq',
'BiocStyle','celldex',
'SingleR','BiocParallel','GSVA',
'AUCell','DelayedArray','GO.db','DO.db',
'DelayedMatrixStats','org.Hs.eg.db',
'org.Mm.eg.db','clusterProfiler'
)
#用for循环批量安装来自cran的包
for (pkg in cran_packages){
if (! require(pkg,character.only=T,quietly = T) ) {
install.packages(pkg,ask = F,update = F)
require(pkg,character.only=T)
}
}
#用for循环批量安装来自bioconductor的包
for (pkg in Biocductor_packages){
if (! require(pkg,character.only=T,quietly = T) ) {
BiocManager::install(pkg,ask = F,update = F)
require(pkg,character.only=T)
}
}
#再次加载所有包，检查有没有没安装好的
for (pkg in c(Biocductor_packages,cran_packages)){
require(pkg,character.only=T)
}
#查看Seurat的版本
packageVersion("Seurat")常用的公共数据库
最常用的还是GEO
1.Gene Expression Omnibus (GEO): GEO是一个公共数据库，收集了来自全球研究机构的大量基因表达数据，其中包括很多单细胞测序数据。
2.Single Cell Portal: Single Cell Portal是Broad Institute开发的在线平台，提供了丰富的单细胞测序数据资源和分析工具。https://singlecell.broadinstitute.org/single_cell
3.Human Cell Atlas: 人类细胞图谱计划（Human Cell Atlas）是一个国际合作项目，旨在建立人类所有细胞类型的细胞图谱。他们提供了大量的单细胞 RNA 测序数据。
https://www.humancellatlas.org/
4.Single Cell Expression Atlas: Single Cell Expression Atlas 是由欧洲生物信息研究所（EMBL-EBI）开发的在线数据库。
https://www.ebi.ac.uk/gxa/sc/home
5.UCSC Cell Browser: UCSC Cell Browser 是加州大学圣克鲁兹分校（UCSC）开发的在线平台，用于浏览和分析单细胞RNA测序数据。
https://cells.ucsc.edu/
学习打卡
批量装包
我之后将用到的单细胞数据
单细胞数据所对应原文
