作者,Evil Genius
目前我们已经讲了16节课了,已经分享了很多方法了,大家学习的同时,也要阅读一些我提供的文献,这样既要学会方法,也要会在研究中使用这些方法,毕竟我们发表文章,其生物学意义才是最主要的。
今天我们分享的文献在Single-cell multi-omic and spatial profiling of human kidneys implicates the fibrotic microenvironment in kidney disease progression(nature genetics,2024年7月24日)。其中就运用了很多我们课上讲到的方法,包括
1、cell2location解卷积,这是高分文章标配
2、空间信号流
3、共定位分析
4、还有我们单细胞部分的转录组联合ATAC的数据分析,期间还有一些WGCNA等一些的分析内容
我们来分享一下
知识背景
肾脏是人体中复杂的三维结构,人体肾脏每天过滤超过140升的血浆,重新吸收重要的营养物质,排泄水和电解质,排除毒素以维持体内环境。结合snRNA-seq/scRNA-seq和snATAC -seq、Visium、CosMx,研究肾脏慢性疾病的发病机制。
结果1、肾脏的综合多组学单细胞图谱
结果2、高分辨率空间分辨人类肾脏图谱
Visium FFPE平台 (cell2location解卷积 CellTrek的空间展示) 使用CosMx (NanoString)平台在真正的单细胞分辨率下分析人类肾脏样本。