Conda
使用：conda -h --no-plugins COMMAND
创建独立的小环境
为什么？
1 conda会改变你原来设置好的环境
2 不同的软件的依赖会相互冲突
3 方便项目管理
命令：
conda activate #启动conda conda env list 或 conda info --env #列出已存在的小环境 conda create -n rna #创建名为rna的conda小环境 #-n：指定环境名称。 #创建环境时可预先指定环境的依赖版本： conda create -n python=2.7 conda activate rna #启动rna这个conda小环境 conda deactivate #退出rna这个conda小环境 conda remove -n rna -all #删除一处啊昂见的小环境及安装的包 conda rename -n R-base_4.3 R #修改已创建的小环境的名称 conda install fastqc=0.11.7 #指定安装版本 #可添加参数-y跳过确认步骤 conda list xxx #列出环境中名为xxx的软件 conda list -n rna #查看指定环境中的软件
软件：
转录组
#质量控制：fastqc, multiqc, fastp, trimmomatic, cutadapt, trim_galore
#比对&定量：hisat2, STAR, salmon, subread (featureCounts)
#无参组装：Trinity（非人类）
#安装软件包并非一定与调用的软件同名
查询是否能通过conda安装
1 网站查询：https://anaconda.org
2 conda search xxx
3 关键词检索
安装软件
conda install <SOFTWARE> #优先安装最新版本。#若与环境已有软件存在冲突，将安装次新软件。
安装软件的另一种方式——用yml文件安装
导出当前环境
conda env export <envname> > env.yml #跨平台均适用 conda list --explicit > env.txt #仅限相同平台
导入环境
conda env create --name <envname> --file env.yml ##导出和导入的两个envname并非需要相同名称 conda create --name <env> --file <this file>
环境变量
环境变量：用于储存有关shell会话和工作环境的系统变量
常见环境变量：
HOME：当前用户的主目录
PATH：shell查找命令的目录列表，由:分隔
SHELL：bash shell的全路径名
LOGNAME：当前用户的登录名
PS1：shell命令行界面的主提示符
命令：
echo
1 打印字符串
2 打印变量的值，变量调用需要在变量之前加$
~/.bashrc
系统配置文件，包含专用于你的bash shell的bash信息、设置，每次登录或打开新的shell时，该文件会被自动读取和执行。
#如果正确修改了~/.bashrc，需要source
source ~/.bashrc
$PATH
输入命令时Linux回去查找PATH里面记录的路径，如果命令存在某一个路径中，就可以成功调用
#查询命令：
echo $PATH | tr ':' 'n'
管理$PATH
方法
在家目录下创建~/bin/文件夹并将其添加至环境变量，后续手动安装的软件可将软件的可执行文件拷贝或软链接（绝对路径）至该bin文件夹
mkdir ~/bin echo 'export PATH="~/bin:$PATH" ' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc
命令执行的三要素
1 命令的本体文件真实存在于服务器里
2 命令的本体文件有可执行权限
3 命令能被系统查找到（命令所在路径在$PATH内有记录）
文件赋予权限
chmod u/g/o (/-)r(4)/w(2)/x(1) <filename> u：用户；g：同组；o：其他人 r：可读；w：可写；x：可执行 #可用0~7表达一个特定权限 chmod 777(ugo) <filename> #对文件赋予最大权限
引用自生信技能树
