Functional mapping and annotation of genetic associations with FUMA | Nature Communications
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SNP2GENE 功能将 GWAS 统计摘要作为输入，并为主导 SNPs 确定的基因组区域中的所有 SNPs 提供广泛的功能注释。
GWAS 统计摘要是 SNP2GENE 流程的必备输入项。FUMA 接受多种格式。例如，PLINK、SNPTEST 和 METAL 输出格式可照常使用。对于其他格式，可提供列名。输入文件应以 ascii txt 或（最好）gzipped 或 zipped 格式准备。每一行应包含一个 SNP 的信息。输入的 GWAS 统计摘要文件可以只包含 SNP 子集（例如，您的研究感兴趣的 SNP，以便对其进行注释），但在这种情况下，MAGMA 的结果将不再相关。请注意，所选参考面板中不存在的变异将不会包含在任何分析中。
输入文件
必要的列：
输入文件「必须」包括 「P 值」和 hg19 参考基因组上的 「rsID」 或「染色体 基因位置」。 染色体列可以是字符串，如 "chr1"，也可以是整数，如 1。当输入文件包含 X 染色体时，将编码为 23 染色体，但输入文件也可以包含 "X"。 如果输入文件有其他名称，可在指定输入文件时在相应的输入框中输入。需要注意的是，应避免使用名称如上但元素不同的列。「例如，如果列名是 "SNP"，但实际元素是 id，如 "chr:position"，而不是 rsID，则会导致错误。」 分隔符可以是任何空格，包括单空格、多空格和制表符。因此，包含列名的每个元素都不得包含任何空格。
当输入文件包含以下所有列：rsID、染色体、位置、A1 和 A2 时，处理过程将比提取信息快得多。
如果您的输入文件是 PLINK、SNPTEST 或 METAL 的输出，您可以直接提交该文件，而无需指定列名。
输入的 GWAS 统计摘要文件可以是 SNPs 的子集（例如，只有您的研究中感兴趣的 SNPs），但在这种情况下，MAGMA 结果不再相关。
如果您想预先指定引导 SNPs，您可以上传一个包含 3 列的文件：rsID、染色体和位置。
此外，如果您对特定的基因组区域感兴趣，也可以上传包含 3 列（染色体、起始位置和终止位置）的文件来提供这些区域。然后，FUMA 将使用这些基因组区域选择与 LD 相关的 SNP 进行注释和绘图。
运行结束以后，可以获取以下信息：
可以根据leading SNP进行后续分析……
GENE2FUNC
比较简单~
遇到问题如何解决
[Check-list for troubleshooting errors (google.com) https://groups.google.com/g/fuma-gwas-users/c/JdxuqR4ihS4?pli=1) 根据error的报错到这里看看能不能找到答案
遇到ERROR 001的报错，记得检查数据是否有引号，有的话记得在保存文件时加上quote=F这个参数~
还是不对，再看看其他的问题：
不能用科学计数法！！！
该错误是由于位置列中的科学记数法 （7.7e 07） 造成的。检查看看自己的数据有没有这样的值，要改一下~
果真！！还是不对？？
The number of column names should be equal to the number of columns in your input file. sometimes the input file has a row index which means that there is one fewer column name in the header as compared to when the actual data starts.
这回估计没问题了
