课前准备----10X HD数据基础分析

2024-08-14 11:16:08 浏览数 (1)

作者,Evil Genius

现在我们的课程来到HD的分析阶段了。

重要的放前面,为了提高下游分析的灵敏度和精度,建议使用SpotClean调整spot swapping,这有助于减少由于附近点的bleed导致的点交换污染,从而提高分析的准确性。

spotclean课上已经讲过,需要引起大家的重视。

10X HD默认输出8um、16um bin数据,如果需要调整,比如调整到20 um的精度,需要用到参数

visium的捕获策略。

HD的捕获策略

大家能找到其中所有的不同吗?

Space Ranger分析HD数据的前准备,图像校准

选择Visium HD Manual Alignment

上传图片(注意这是cytoassist生成的图片,非常大)

选择芯片信息

确定锚点

识别核心的三个锚点

调整基准点

Click Auto-refine to algorithmically refine the alignment

划分区域

继续Microscope图像比对

Upload the high-resolution microscope image (H&E or IF)(非常大)

For H&E images, as in this case, select brightfield.

标记landmarks

确保准确度

通常情况需要设置5-8个标记

评估匹配度

输出比对文件

结束

进行数据分析

输入文件

1、CytAssist image in TIFF format 2、

3、芯片信息

4、参考基因组 5、探针列表 6、图像校准的json文件

代码示例

代码语言:javascript复制
 spaceranger count --id=hd_count 
 --transcriptome=/path/to/refdata-gex-GRCh38-2020-A 
 --fastqs=/path/to/fastq 
 --probe-set=/path/to/Visium_Human_Transcriptome_Probe_Set_v2.0_GRCh38-2020-A.csv 
 --slide=H1-YD7CDZK 
 --area=A1 
 --cytaimage=/path/to/CAVG10539_2023-11-16_14-56-24_APPS115_H1-YD7CDZK_A1_S11088.tif 
 --image=/path/to/APPS115_11088_rescan_01.btf 
 --create-bam=false

生成的loupe文件示例

放大后,默认8um精度

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