安装一切顺利,愉快学习的一天,感谢生信星球,感恩豆豆花花,继续磕cp
安装操作记录
1. 进入镜像网站 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
2. 查看linux服务器位数
代码语言:txt复制uname -a
选择对应的64位,.sh是脚本文件后缀;注:64-bit(x86_64)、32-bit(x86)
3. 选择相应的miniconda,右键复制链接网址
4. 将miniconda脚本安装至biosoft文件夹中
代码语言:txt复制cd biosoft
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
5. 安装miniconda
代码语言:txt复制bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #记得用tab
安装过程中会出现很多的版权信息,持续按回车跳过;当出现“Do you accept the license terms? yes|no”时,说明安装要开始了,linux系统能yes就yes,主打听话就好
6. 激活conda,注意空格
代码语言:txt复制source ~/.bashrc
conda
出现帮助文档,说明成功
7. 添加镜像网站
使用北外的镜像
代码语言:txt复制conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
使用conda记录(linux的软件商店)
1. 查看当前服务器安装的所有软件
代码语言:txt复制conda list
2. 安装软件
代码语言:txt复制conda install fastqc -y #-y是yes,即安装过程中conda问的问题,全部回答yes
fastqc --help
出现帮助文档,说明安装成功
代码语言:txt复制conda remove fastqc -y
卸载软件
Conda环境
1. 查看当前环境
代码语言:txt复制conda info --envs
前面带*的就是当前激活的(base)
2. 新建环境
代码语言:txt复制conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
conda info --envs
比如要处理转录组数据,先建立一个名叫rnaseq的conda环境,然后指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic;安装完确认一下。
3. 激活新环境
代码语言:txt复制conda activate rna-seq
相当于进入该环境,类似于cd 目录
代码语言:txt复制conda deactivate
退出当前环境