什么是R包？
- R包是多个函数的集合，编码和样本数据的集合，或者通俗讲，R包相当于R的插件（有可能不准确）
- 存放位置：名为”library“的目录下
- 必要性：丰富的图表和Biocductor上面的各种生信分析需要R包
- 以dplyr为例
安装和加载R包
- 镜像设置，（直接高级设置安排）
引用自生信星球
- 安装
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
install.packages("dplyr")- 加载
library(dplyr)- 指定数据
test <- iris[c(1:2,51:52,101:102),]dplyr五个基础函数
- 新增列，
mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width) - 按列筛选，
select(test,c(1,5))或者select(test, Petal.Length, Petal.Width) - 筛选行，
filter(test, Species == "setosa") - 按某1列或某几列对整个表格进行排序，
arrange(test, Sepal.Length) - 汇总，对数据进行汇总操作，
summarise(test, mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))
dplyr的两个技能
- 管道操作，相当于linux的管道符｜
- count统计某列的unique值
count(test,Species)
dplyr处理关系数据
- 内连取交集，inner_jion
- 左连left_join
- 全连full_jion
- 半连接，返回能够与y表匹配的x表所有记录semi_join
- 返连接，返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_joinjoin
- 简单合并，cbind函数和rbind函数
