以下内容来自生信星球学习小组第159期
测序过程和原理
一代测序
- 通量低,成本高
二代测序、三代测序
基因组学(核酸序列分析)
(1)全基因组测序(WGS)
(2)全外显子组测序(WES)
(3)简化基因组测序(RRGS)
代码语言:txt复制 ①RAD-Seq
代码语言:txt复制 ②GBS
代码语言:txt复制 ③2bRAD
代码语言:txt复制 ④ddGBS(也就是ddRAD)
作用:
(1)基因组作图(遗传图谱、物理图谱、转录本图谱)
(2)核苷酸序列分析
(3)基因定位
(4)基因功能分析
其它:
以全基因组测序为目标的结构基因组学
以基因功能鉴定为目标的功能基因组学
转录组学(基因表达分析)
(1)mRNA-Seq
(2)IncRNA-Seq(长链非编码RNA)
(3)sRNA-Seq(主要是miRNA-Seq)
作用:
(1)获得物种或者组织的转录本信息
(2)得到转录本上基因的相关信息,如基因结构功能等
(3)发现新的基因
(4)基因结构优化
(5)发现可变剪切
(6)发现基因融合
(7)基因表达差异分析
蛋白质组学
(1)蛋白质组数据处理、蛋白及其修饰鉴定
(2)构建蛋白质数据库、相关软件的开发和应用
(3)蛋白质结构功能预测
(4)蛋白质连锁图
代谢组学
(1)代谢物指纹分析
(2)代谢轮廓分析