linux环境下的软件安装
了解conda
conda相当于Linux的应用商店,日常生信使用Miniconda就行
下载Miniconda到服务器上
浏览器搜索“miniconda 清华”
查看服务器是多少位的uname -a
找到对应的最新(latest)的版本
右键复制下载链接
进入biosoft目录(新技能使用tab键自动补全)cd biosoft
使用wget 链接
(windows右键是粘贴)
然后就是下图这样
安装Miniconda
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
(这里用tab键的自动补全功能很方便)
一顿enter加yes就安装好了激活Minicondasource ~/.bashrc
输入conda如果有满屏幕的信息就是激活成功
添加镜像
因为从镜像网站上下载快
复制下面的代码使用北外的镜像(不知道为啥下面的代码用不了markdown语法标记)
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main
conda config --set show_channel_urls yes
使用conda
conda list
可以查看服务器目前安装的所有软件列表
安装fastqc软件conda install fastqc -y
(-y就是安装过程中所有的问题都回答yes)
fastqc --help
确认是否安装成功
卸载软件conda remove fastqc -y
conda环境
环境就是不同的分身,不同分身可以安装不同软件,避免不同项目需要用同一软件的不同版本的冲突情况
conda activate rna-seq
激活环境
conda deactivate
退出当前环境