学习小组Day5-bubble

2023-11-03 22:53:14 浏览数 (1)

R中数据结构

1.新手必备

(1)R的赋值符号不是等号,而是<- (2)在Console 控制台输入命令,相当于Linux的命令行

(3)R的代码都是带括号的,括号必须是英文的。 (4)显示工作路径 getwd()

(5)向量是由元素组成的,元素可以是数字或者字符串。 (6)表格在R语言中改名叫数据框

(7)?read.table的意思,调出对应的帮助文档,翻到example部分研究一下。 (8)数据类型也就是刚才提到的数字 字符串更多可以参考

https://zhuanlan.zhihu.com/p/103698988

2.区分向量和标量

2.1理解数据的类型

引用生信星球的图片可以解释的很清楚

自己总结一下

①向量和标量都是变量都是由元素组成

②明确元素含义:数字或者字符串

数字:12345任何的数字

字符串:bubble . ni. 等英文字母组成的字符串

③向量:多个元素组成的变量(一排有序排列的元素,以后会用到把一个向量作为数据框中的一列的情况)

④标量:一个元素组成的变量

⑤使用的时候都会给变量赋值<-也就是给x y z等一个元素(数值或者是字符串)

代码语言:txt复制
x<- c(1,2,3) #常用的向量写法,意为将x定义为由元素1,2,3组成的向量。
x

x<- 1:10 #从1-10之间所有的整数
x

x<- seq(1,10,by = 0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数(注意是逗号不是分号)
x

x<- rep(1:3,times=2) #1-3 重复2次
x

更多seq函数用法参考当中还有长度和间隔之分输出的数值都是不一样的

https://blog.csdn.net/weixin_42139736/article/details/111696295

自己练习

注意:每给统一变量赋一次值都会被之后一次覆盖

2.2从向量中提取元素

①根据元素位置

代码语言:txt复制
#这里的x是你刚才赋值的变量名,根据自己的情况来修改
x[4] #x第4个元素
x[-4]#排除法,除了第4个元素之外剩余的元素
x[2:4]#第2到4个元素
x[-(2:4)]#除了第2-4个元素
x[c(1,5)] #第1个和第5个元素

我刚刚最后一次赋值给x是

代码语言:txt复制
x<- rep(1:3,times=2) #1-3 重复2次 x应该就是代表1 2 3 1 2 3

所以

x第4个元素 为1

除了第4个元素之外剩余的元素 为1 2 3 2 3

第2到4个元素 为2 3 1

除了第2-4个元素 为1 2 3

第1个和第5个元素 为1 2

如图

总结一下

代码语言:txt复制
x[] #括号中直接数字就是代表要提取元素位置
    #括号中数字前加 - 号就是排除法
    #括号中数字几-几就是要提取元素位置几至几
    #以此类推上一个前加 - 号也是排除的意思

②根据值

代码语言:txt复制
x[x==2]#等于2的元素
x[x>0]
x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c(1,2,5)中的元素

我刚刚最后一次赋值给x是

代码语言:txt复制
x<- rep(1:3,times=2) #1-3 重复2次 x应该就是代表1 2 3 1 2 3

所以

x等于2的元素 为2 2

x>0的元素 为1 2 3 1 2 3

x存在于向量c(1,2,5)中的元素 为1 2 1 2

如图

3.数据框(也就是表格)

提前将生信星球的示例文件放入昨天的工作目录之下不知道自己工作目录在哪可以输入

代码语言:txt复制
getwd() # 显示工作路径 
然后
dir() # 显示文件列表 看看有没有放进来

用以下命令即可获得示例数据框:

代码语言:txt复制
X<-read.csv('doudou.txt')

3.1 读取本地数据

代码语言:txt复制
read.table(file = "huahua.txt",sep="t",header =T)
a<-read.table(file = "huahua.txt",sep="t",header =T)
# sep="t"目的为识别行
# header=T目的为把第一行设置为表头

更多数据导入参数参考帮助文档或者

https://www.jianshu.com/p/39ae29a6c078

如图

怎么调用帮助文档 在使用参数前加?

3.2 设置行名和列名

代码语言:txt复制
X<-read.csv('doudou.txt') #在示例数据里有doudou.txt 注意这里的变量X是一个数据框
colnames(X) #查看列名
rownames(X) #查看行名,默认值的行名就是行号,1.2.3.4...
colnames(X)[1]<-"bioplanet"#有的公司返回数据,左上角第一格为空,R会自动补为x,用这个命令来修改
X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = "	",header =T,row.names=1)#最后row.names的意思是修改第一列为行名

如图

这个数据框并不需要修改如果已经改了 撤销用刚才的read.table命令重新赋值一遍就可以覆盖掉你刚才改瞎的了 这也就是变量为什么叫"变"量

故意写了个大写的X 就是告诉一下大小写是严格区分的 # 也就是说x 和X不是同一个变量不会覆盖是不同的两个变量

3.3 数据框的导出

代码语言:txt复制
write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)#分隔符改为逗号,字符串不加双引号(默认格式带由双引号) 

3.4 变量的保存与重新加载

代码语言:txt复制
#这次没有处理完的数据下次想接着用怎么办?--学会保存和重新加载。保存的格式是RData。
save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存当前所有变量
save(X,file="test.RData")#保存其中一个变量
load("test.RData")#再次使用RData时的加载命令

3.5 提取元素

代码语言:txt复制
- X[x,y]#第x行第y列
- X[x,]#第x行
- X[,y]#第y列
- X[y] #也是第y列
- X[a:b]#第a列到第b列
- X[c(a,b)]#第a列和第b列
- X$列名#也可以提取列(优秀写法,而且这个命令还优秀到不用写括号的地步,并且支持Tab自动补全哦,不过只能提取一列)

我自己就是可以依照刚才的X数据框进行自己所需元素提取

代码语言:txt复制
- X[1,1]#第1行第列
- X[2,]#第2行
- X[,1]#第1列
- X[1] #也是第1列
- X[1:1]#第1列到第1列因为刚刚最后X数据框只有一列
- X[c(1,1)]#第1列和第1列
- X$x2#也可以提取第x2列这里注意大小写

原来的X数据框为

因此按上面代码提取元素如图

3.6 直接使用数据框中的变量

iris是R语言的内置数据,可以直接使用。提取某两列作散点图

我查了一下irisris数据集介绍

https://www.zhihu.com/question/586856552#:~:text=data (iris) 命令是 R 语言内置的一个命令,用于导入 R 语言内置的 iris,鸢尾花 的花萼长度、花萼宽度、花瓣长度、花瓣宽度等四个特征,共计 150 个样本,分为三个品种(setosa、versicolor 和 virginica),每个品种各 50 个样本。 然后就是保存你脚本编辑器中的代码就好啦

最后的问题:

大概率是

①X并没有被赋值 或者可能没成功赋值或赋值之后不小心删了及时查看运行时的报错

②检查一下X和x是否赋值正确区分大小写

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