今天的任务是学习R包。以dplyr包的安装加载和使用为例进行学习,因为R包之间的使用是相通的,掌握了一个,后面的可以通过具体代码的学习进行使用。dplyr这个包我以前没有接触过,从这个入手,又能学习到新东西真不错。
一、软件的安装
镜像设置就是为了加快R包的安装下载速度,节约时间。
代码语言:javascript复制# options函数就是设置R运行过程中的一些选项设置
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #对应清华源
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") #对应中科大源
# 当然可以换成其他地区的镜像
install.packages("dplyr")
library(dplyr)
R包安装命令是install.packages(“包”)或者BiocManager::install(“包”)。取决于你要安装的包存在于CRAN网站还是Biocductor,存在于哪里?可以谷歌搜到。
二、dplyr五个基础函数
2.1mutate(),新增列
代码语言:javascript复制test <- iris[c(1:2,51:52,101:102),] #示例数据直接使用内置数,据集iris的简化版,test是内置数据集的1/2/51/52/101/102行
mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width)
test赋值的是从iris中提取的数值,如下图所示。
2.12.select(),按列筛选
代码语言:javascript复制select(test,3) #筛选第3列内容
select(test,c(1,3)) #筛选1、3列内容
select(test,Sepal.Length) #筛选列名为Sepal.Length的数据
vars <- c("Petal.Length", "Petal.Width") #把Petal.Length", "Petal.Width命名为vars
select(test, one_of(vars)) #筛选vars的数据
2.3filter()筛选行
代码语言:javascript复制filter(test, Species == "setosa") #筛选行内容有setosa的数据
filter(test, Species == "setosa"&Sepal.Length > 5 ) #筛选行内有setosa,且Sepal.Length > 5的数据
filter(test, Species %in% c("setosa","versicolor")) 3#筛选行内容有setosa、versicolor的数据,这个 %in%不知带什么含义操作方法,我推测和vars赋值的含义差不多。
2.4arrange(),按某1列或某几列对整个表格进行排序
代码语言:javascript复制arrange(test, Sepal.Length)#默认从小到大排序
arrange(test, desc(Sepal.Length))#用desc从大到小
2.5summarise():汇总
代码语言:javascript复制summarise(test, mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))# 计算Sepal.Length的平均值和标准差
group_by(test, Species) #先按照Species分组
summarise(group_by(test, Species),mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length)) #计算每组Sepal.Length的平均值和标准差
三、dplyr两个实用技能
3.1管道操作 %>% (cmd/ctr shift M)
加载tidyverse包后才可用 %>%
代码语言:javascript复制install.packages("tidyverse")
library(tidyverse) #首先安装并加载tidyverse
test %>%
group_by(Species) %>%
summarise(mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))
哪些报错了,哪些目前可以使用,在加载时展示出来,如果暂时不需要用到,也没有Error就可以往后继续进行。
3.2count统计某列的unique值
代码语言:javascript复制count(test,Species)
四、dplyr处理关系数据
首先先手动输入两个test的表格
代码语言:javascript复制test1 <- data.frame(x = c('b','e','f','x'),
z = c("A","B","C",'D'))
test2 <- data.frame(x = c('a','b','c','d','e','f'),
y = c(1,2,3,4,5,6))
4.1內连inner_join,取交集
代码语言:javascript复制inner_join(test1, test2, by = "x")
4.2左连left_join
代码语言:javascript复制left_join(test1, test2, by = 'x') #以test1的x为依据进行数据提取
left_join(test2, test1, by = 'x') #以test2的x为依据进行数据提取
结果如下:
4.3全连full_join
代码语言:javascript复制full_join( test1, test2, by = 'x') #把数据全部展示出来,同时能够从x处找到交集的放在上面,不能找到的放在下面,但是要都表现出来
4.4半连接:返回能够与y表匹配的x表所有记录semi_join
代码语言:javascript复制semi_join(x = test1, y = test2, by = 'x')
4.5反连接:返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_join
代码语言:javascript复制anti_join(x = test2, y = test1, by = 'x')
4.6简单合并
代码语言:javascript复制test1 <- data.frame(x = c(1,2,3,4), y = c(10,20,30,40))
test2 <- data.frame(x = c(5,6), y = c(50,60))
test3 <- data.frame(z = c(100,200,300,400)) #给test1/2/3赋值,此时的test1/2与上面操作中的就不同了
bind_rows(test1, test2) #需要两个表格列数相同
bind_cols(test1, test3) #需要两个数据框有相同的行数
写在最后,今天成功手动安装了RStutio的镜像设置,练习了dplyr的使用。R包的功能很强大,可以通过搜索进行应用。