基因家族分析(6) 一行代码完成基因结构分析及可视化

2023-11-07 13:12:33 浏览数 (1)

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❝基因家族分析是生物信息学入门学习的基石,由于其对硬件要求不高个人电脑均可进行,不仅投入小、操作简单,而且产出效果显著,因此受到了广大生物信息学初学者的喜爱。虽然相关的研究文章层出不穷,但许多内容趋于雷同,缺乏创新性。为了突破这一局限,「本次在第三版的基础上进行了全面的内容优化,并引入了多个Python自动化脚本,来简化分析过程」

原理介绍

❝本节来介绍,如何通过python脚本完成基因结构的分析得到gggenomes包绘图的输入数据,非常的简洁好用 ❞

基因结构清洗

代码语言:javascript复制
python3 gff.py ./result/geneid.txt ./ref/genomic.gff ./Figure-1/gene.gff

数据可视化

代码语言:javascript复制
library(tidyverse)
library(gggenomes)

gggenomes("gene.gff")  
  geom_gene(position="pile",size=3)  
  geom_bin_label()  
  theme(plot.margin=unit(c(0,0,0,0),units="cm"))

课程介绍

❝本套课程文档详细讲解了如何使用R语言中的「tidyverse」等一系列强大的包进行数据清洗、统计分析和结果可视化。同时结合一系列生信软件实现无缝链接,我们采用了全新的方式来进行基因家族分析,使得整个过程更加高效和直观。本课程适合有一定R语言基础的学习者,无论是内容的广度还是深度都能满足您的学习需求。通过掌握本课程的内容,您将能够在数小时内完成一篇文章的全部数据处理和结果可视化工作,大大加快了文章发表的速度。 ❞

特色内容

❝本课程内容丰富,目前共包含十四章,涵盖了十余种不同类型的可视化图表,为结果展示提供了丰富的选择。我们从软件安装和数据库下载入手,逐步深入,详细讲解了R语言在数据清洗和可视化方面的强大功能。在1.5版本中,我们引入了大量的Python脚本,将原本繁琐的数据处理过程简化,实现了自动化处理,让您的研究工作变得更加轻松愉快。 ❞

实际案例文章

总体内容展示

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❝对上方内容感兴趣的欢迎添加小编微信咨询交流,目前课程将在小编「淘宝店铺R语言数据分析指南」上架售卖,有需要的可到小编淘宝店铺下单咨询,同时「可提供报销所需发票」。期待与各位的交流学习。添加小编微信时请备注一下来意方便沟通,无需要请勿扰。 ❞

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