上周解决了BPCells安装包的问题，以为就可以开始run 正式数据了。结果今天在安装Seurat v5过程中又是问题百出。现总结如下：
代码语言：txt复制1. Seurat v5主页推荐的package安装：
我尝试了主页推荐的安装方法：
install.packages("Seurat"), 弹出对话框需要选择安装各种dependent packages, 我选择Yes，没有成功安装；选择No就可以安装成功，不过是4.3版本，并不是我想要的v5版本。所以我选择目录安装的办法：
Seurat_5.0.0.tgz in CRAN
SeuratObject_5.0.0.tgz in CRAN
在CRAN网站上将相应的packages下载好，然后选择目录安装的办法，就可以安装成功。
（注意自己的电脑系统，Windows问题不大，Mac需要注意是arm64 还是x86_64. 选择对应的package安装）2. Matrix安装的问题：
上述安装包可以成功安装，但是在library()的时候就出现问题了：
“..., unable to load shared object '/Users/jiajia/Library/R/x86_64/4.1/library/Matrix/libs/Matrix.so'”
该问题需要重新安装Matrix packages. 我仍然选择的是通过CRAN进行下载 (Matrix_1.6-2.tgz)。
安装之后，就解决了上述问题。3. SeuratWrapper package安装碰到的问题：
error: install_github results in an api rate limit error regardless of which package is installed
solution:
Generate a Personal Access Token on GitHub by going to your account settings -> Developer settings -> Personal access tokens -> Generate token.
Run below code in R:
Sys.setenv("GITHUB_PAT" = "your_token") #”your token” is a link generated in github when creating the token, which starts with “github_pat_…”
Here is my personal token:
github_pat_xxxxxxxx
remotes::install_github("satijalab/seurat-wrappers") #successfully installed总结：
Seurat v5看说明书上的介绍，其功能很强大，尤其是在整合million级别细胞数量这个层面。不知道实际使用会怎么样。问题总是一茬接一茬，troubleshoot总是在路上。。。。
