前言
AlphaFold首先实现了对单体蛋白质预测领域的突破。随后AlphaFold-Multimer将其扩展到蛋白质复合物。而目前,AlphaFold又迎来了一次更新,这个版本称之为AlphaFold-latest。
AF 模型的更新集中于以下两个方面:
- 准确度上有显著提高:最新的模型可以达到原子精度的预测(涵盖所有的PDB结构)
- 预测范围增大:AF对于多种关键生物分子有了新理解,包括配体(小分子),蛋白质,核酸(DNA和RNA),以及翻译后修饰(PTMs)的分子。也就是说AF可以用于预测蛋白质之外的生物分子复合物,并不仅限于蛋白质本身。
预测模型与实验结构比较
AlphaFold-latest的结构预测:蛋白质链以蓝色显示(抗体以绿色显示),橙色表示预测的配体和糖,粉色表示预测的DNA,紫色表示预测的RNA,灰色表示实际结构。
a. RNA聚合酶QDE-1与RNA引物和非水解核苷酸AMPNPP结合(PDB ID 7Y7S,LDDT:87.9)。
b. 人类冠状病毒OC43刺突蛋白,4665个残基,糖基化并与中和抗体结合(PDB ID 7PNM,LDDT:83.3)。
c. 细菌CRP/FNR家族转录调节蛋白与DNA和cGMP结合(PDB ID 7PZB,LDDT:82.4)。
d. CRISPR-Cas