Day3

Day3-梦琪

2023.11.29

一、练习回顾昨天的内容

1.ls输出的是横向列表，怎样输出长格式列表（还是不太会） ls -l

2.查看长格式列表中文件的大小 ls -l

3. 查看linux系统版本lsb_release -a、内存free -m、硬盘空间df -hT

4.建立类似/tmp/tmp1/tmp1.1层级目录并删除

mkdir -p /tmp/tmp1/tmp1.1

rm -r

二、如何在Linux上安装软件

1.软件管理miniconda 相当App store 最方便快捷的软件下载器 conda>anaconda>miniconda

2.将miniconda下载到服务器上

输入 uname -a 查看服务器是多少位的（查看过后是x86_64即64-bit） 进入biosoft cd biosoft wget 下载链接https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

3.安装miniconda

输入bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 注意：中间程序让按enter就按enter，让输入yes就输入yes。

4.激活miniconda

source ~/.bashrc 回车后输入conda （出现满屏的信息就是激活成功了）

5.添加镜像（相当于主网站的副本，从镜像网站下载可以加快下载速度）

6.使用conda

（1）查看当前服务器安装的所有列表conda list

（2）安装软件 conda install fastqc -y

（3）确认是否安装成功 fastqc --help

（4）卸载软件conda remove fastqc -y

7.conda 环境 （不同的项目要用不同的软件，不同的软件需要定制不同的分身 分身就是不同的conda environment）

（1）查看环境conda info --envs

（2）建立环境（比如要处理转录组的数据，conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y 建立一个名叫rna-seq的环境，指定python版本是3，安装fastqc trimmomatic软件）

（3）再次查看环境conda info --envs

（4）激活新环境 conda activate rna-seq

（5）如果要退出该环境，conda deactivate