生信星球学习小组笔记 2023年11月29日
一、今日学习体会
1.命令行界面不可怕
一直对linux有种莫名的恐惧感，或许是对于这种不能直接眼见为实的的操作有种害怕的感觉吧。但实际操作起来后，发现和R语言的操作非常类似，并且操作中积极暗示自己这种不可怕，很简单，居然出乎意料的好用。至少，今日的操作中相比很久前自学Linux的感觉截然不同，不得不说，一定要学会Tab键，可以改变心态！
2.重新认识conda
以前自学查找资料时有了解过conda，总之是两眼抓瞎，不知所云，所以没能入门成功（早早放弃）。
记住conda = 商店，这样就明白了！
二、conda的安装
安装心得
与以前尝鲜的交互式linux系统（deep）等不同，这次的安装实实在在的是用命令行，因此印象中仍是通过“下载安装包--安装安装包”程序实现软件安装步骤。
linux安装应该是：检查软件版本--复制下载链接--wget命令下载--通过命令安装。
具体说来
1. miniconda下载地址（生信用miniconda足够）
清华大学镜像：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/?C=M&O=D
2.确认服务器版本：
uname -a
3.选择合适链接：
选择的版本4.输入下载：
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_23.10.0-1-Linux-x86_64.sh
下载内容5.安装miniconda：
bash Miniconda3-py39_23.10.0-1-Linux-x86_64.sh
(安装过程中注意根据提示按enter或输入命令)
6.激活miniconda：
source ~/.bashrc后输入conda
激活conda7.设置镜像：（方便下载软件，来自豆豆花花老师代码）
使用北外的镜像conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ conda config --set show_channel_urls yes
conda使用命令三、使用（安装fastqc 为例）
（安装过程中卡在了Collecting package metadata (repodata.json): ，原来是网络问题，打开了其他软件。）
conda list查看软件目录
conda install fastqc -y安装，-y可以确认yes回答；conda install fastqc=0.11.7 -y限定版本安装
fastqc -help检查是否安装成功
conda remove fastqc -y卸载
四、进阶
环境（耳目一新，重点）
生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。 每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？--别想了，办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。
1.检查环境
conda info --en
2.创建新环境
搬运老师（目前还不理解）：比如我们要处理转录组数据了，好，先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的，不是要你学python或者用它干什么。)
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
3.激活环境
conda activate rna-seq，带*号的即为激活
rna-seq激活4.退出环境
conda deactivate
