Linux中安装和管理软件的教程总结
1. Conda的介绍
Conda类似于Linux的应用商店，一个方便的软件管理工具，适用于生物信息学软件，建议使用Miniconda
2. 安装Miniconda
- 通过搜索“miniconda 清华”来找到清华大学的Conda镜像网站，以便更快地下载。
- 使用
uname -a确定服务器的位数（64/32），选择相应的Miniconda版本 - 使用
cd 路径转到想要安装程序的路径 - 使用
wget后接复制下来的下载链接，下载Miniconda安装脚本。 - 运行下载好的脚本
bash Miniconda3-版本号-Linux-x86_64.sh进行安装 - 遵循提示完成安装，看到
Thank you for installing XXX表示成功安装 - 安装完成后，运行
source ~/.bashrc来激活Conda。
3. 配置Conda镜像
为了提高下载速度，建议配置国内镜像，如北外镜像。这可以通过一系列的conda config命令来完成：
# 使用北外的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes4. 使用Conda
- 查看已安装的软件：
conda list。 - 安装新软件：例如，
conda install fastqc -y或conda install fastqc=版本号 -y - 检查软件是否安装成功：运行
fastqc --help，成功则有大段文字。 - 卸载软件：
conda remove fastqc -y。
5. Conda环境
不同的生信项目需要不同版本的软件“分身”“环境”
- 查看当前conda有哪些环境
conda info --envs - 建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic：
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y - 再次查看一下我们的conda环境：
conda info --envs - 激活新的conda环境：
conda activate rna-seq - 在用户名root前面出现了
(rna-seq)输入fastqc试试，如果出现一大片信息就可以使用了 - 退出当前环境
conda deactivate
强调学习Linux和使用命令行的重要性，放弃图形界面的思维，适应命令行操作。
