远远day3-linux环境下的软件安装

一、在服务器上下载miniconda

1、登录服务器

打开Xshell7 ，连接服务器。

2、查看服务器是多少位的：输入命令 uname -a

64位

3、浏览器搜索“miniconda 清华”

找到miniconda

选择最近更新的软件

latest版本-64位

4、输入cd b(tab可自动补齐文件夹名)进入biosoft文件夹进行安装

指令：wget 复制的下载地址

二、安装miniconda

1、输入指令【bash 软件名】开始安装

点击enter开始安装

输入 yes后点击enter继续安装

输入yes，安装成功

2、激活conda，指令【source ~/.bashrc】

输入conda查看是否安装成功

三、使用conda

1、查看当前服务器上安装的所有软件列表【指令： conda list】

2、安装软件 【指令：conda install fastqc -y （-y是yes）】

输入指令 conda install fastqc -y

3、确认fastqc软件是否安装成功【指令：fastqc --help】

软件的帮助文档

4、卸载软件【指令： conda remove fastqc -y】

四、查看当前conda有哪些环境

生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，按照项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。

1、查看当前conda环境【指令：conda info --envs】

带*的就是当前激活的

2、建立conda环境

例一个名叫rnaseq的conda环境【指令：conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y】

3、查看conda环境【指令：conda info --envs】

多了一个rna-seq，但是，默认还是base。

4、激活新的conda环境【conda activate rna-seq】

这时默认的*就会转移到rna-seq前面

输入fastqc查看是否可以使用，图中出现的是帮助文档

5、退出当前环境【指令：conda deactivate】