Day6：学习R包

R语言学习内容

安装和加载R包

1. 镜像设置

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options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #对应清华源
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") #对应中科大源

2. 安装

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install.packages(“包”)
BiocManager::install(“包”)

3. 加载

library (包) / require (包)

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options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) 
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") 
install.packages("dplyr")
library(dplyr)

示例数据使用

- 使用内置数据集iris的简化版

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test <- iris[c(1:2,51:52,101:102),]

dplyr包的基本使用

1. mutate函数，新增列：

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mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width)

2. select(),按列筛选

- 按列号筛选：

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select(test,1)
select(test,c(1,5))
select(test,Sepal.Length)

- 按列名筛选：

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select(test, Petal.Length, Petal.Width)

vars <- c("Petal.Length", "Petal.Width")
select(test, one_of(vars))

3. filter()筛选行

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filter(test, Species == "setosa")
filter(test, Species == "setosa"&Sepal.Length > 5 )
filter(test, Species %in% c("setosa","versicolor"))

4. arrange(),按某1列或某几列对整个表格进行排序

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arrange(test, Sepal.Length)#默认从小到大排序
arrange(test, desc(Sepal.Length))#用desc从大到小

5. summarise()：汇总；结合group_by使用实用性强

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summarise(test, mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))# 计算Sepal.Length的平均值和标准差

# 先按照Species分组，计算每组Sepal.Length的平均值和标准差
group_by(test, Species)

summarise(group_by(test, Species),mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))

dplyr两个实用技能

1. 管道操作 %>% (cmd/ctr shift M)

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test %>% 
  group_by(Species) %>% 
  summarise(mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))

2. count统计某列的unique值

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count(test,Species)

dplyr包处理关系数据

1. 內连inner_join

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inner_join(test1, test2, by = "x")

2. 左连left_join

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left_join(test1, test2, by = 'x')
left_join(test2, test1, by = 'x')

3. 全连full_join

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full_join( test1, test2, by = 'x')

4. 半连接semi_join

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semi_join(x = test1, y = test2, by = 'x')

5. 反连接anti_join

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anti_join(x = test2, y = test1, by = 'x')

6. 简单合并

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test1 <- data.frame(x = c(1,2,3,4), y = c(10,20,30,40))
test1

test2 <- data.frame(x = c(5,6), y = c(50,60))
test2

test3 <- data.frame(z = c(100,200,300,400))
test3

- bind_rows函数

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bind_rows(test1, test2)

- bind_cols函数

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bind_cols(test1, test3)

r语言

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